XX əsrin 30-cu illərin sonu 40-cı illərin əvvəlində bir daha aydın oldu ki, Azərbaycanda onkologiyanın inkişafına maneəçilik törədən əsas səbəblərdən biri bədxassəli şişlərin problemləri ilə məşğul olan ixtisaslaşdırılmış elmi-tibbi idarənin olmamasıdır. Bununla əlaqədar olaraq, Azərbaycan Respublikası Xalq Komissarları Soveti və Xalq Səhiyyə Komissarlığının 10 dekabr 1940-cı il 2928 saylı Qərarına əsasən Bakıda Azərbaycan Respublikası Elmi-Tədqiqat Rentgen-Radiologiya İnstitutu (ETRRİ) təşkil edilməlidir.İnstitutun daim artmaqda olan rolunu nəzərə alıb, Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyi ona xərçəngin öyrənilməsi sahəsində aparıcı elmi-tədqiqat idarəsinin funksiyasını həvalə etdi və ona görə 1988-ci ilin fevral ayında İnstitut Respublika Onkoloji Elmi Mərkəz (ROEM) adını almışdır.
1990-cı ilin mart ayından bu günədək Mərkəzə direktor vəzifəsinə RF TEA-nın akademiki C.Ə.Əliyev təyin edilmişdir. Respublika çərçivəsində süd vəzisi və ağciyər xərçənginin erkən diaqnostikası üzrə skrininq proqramları işlənib hazırlanır və həyata keçirilmişdir. Bu Respublikada qeyd edilən xəstəliklərin gecikmiş halda müraciətlərini həddən artıq azaltmışdır. Eləcədə süd vəzisi xərçəngi ilə xəstələrdə orqanqoruyucu əməliyyatlar daxil olmaqla kompleks müalicə və reabilitasiya metodları işlənib hazırlanmışdır.1995-ci ilin oktyabr ayında ROEM Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyi Milli Onkologiya Mərkəzi adını aldı.
Ötən illər ərzində Mərkəzin əməkdaşları tərəfindən Respublikanın onkoloji xidmətinin strukturunun təşkili, bədxassəli şişlərin erkən diaqnostikası və xərçəngin dərmanla müalicəsinin işlənib hazırlanması və təkmilləşməsi sahəsində böyük elmi araşdırmalar aparılmışdır. Bir sıra lokalizasiyalı şişlərin orqanqoruyucu operasiyalar daxil olmaqla yeni reabilitasiya və müalicə metodlarının işlənib hazırlanması sahəsində böyük nailiyyətlər əldə olunmuşdur.Böyük elmi potensialı və müasir maddi-texniki bazası Milli Onkologiya Mərkəzinə təkcə onkologiya sahəsində deyil, onunla həmmərz olan elmlərlə də çoxsahəli elmi-tədqiqat problemlərin öyrənilməsinə təminat verir.
MOM Respublika əhalisinə göstərilən ixtisaslaşmış onkoloji yardım üzrə aparılan elmi-metodik və profilaktik işlərin koordinasiyası ilə məşğul olan əsas mərkəz funksiyasını daşıyır. Buraya professor A.T.Abbasov ad. Bakı onkoloji dispanserindən, 7 rayonlararası onkoloji dispanserlərindən (Naxçıvan, Xankəndi, Sumqayıt, Şəki, Mingəçevir, Şirvan, Lənkəran) və 100-ə qədər onkoloji kabinetlərdən onkoloji xəstəliklərlə xəstələnmiş insanların diaqnostikası və müalicəsi haqqında məlumat verilir.
MOM-da Respublika əhalisinin mütəşəkkil və qeyri-mütəşəkkil qruplarında kütləvi kompleks müayinə aparmaq üçün Səyyar Mobil Diaqnostik mərkəz yaradılmışdir ki, onun əsasını müasir tibbi texniki vəsaitlərlə (USM, Rentgen, endoskopik, kliniki-biokimyəvi və morfoloji laboratoriya) və yüksək ixtisaslı həkimlər: mammoloq, ginekoloq, rentgenoloq və s. köməyi ilə kompleks müayinələr həyata keçirməklə əhalinin ucqar bölgələrindən olan hissəsini qisa bir müddətdir əhatə edərək, şişönü və şiş xəstəliklərinin erkən müayinədə aşkar edilərək daha dəqiq müayinə və müalicə üçün müvafiq tibb müəssisələrinə göndərilməsini tövsiyə edir.
Mərkəzin bazasında aspirantura fəaliyyət göstərir. Mərkəzdə 1993-cü ildən “onkologiya” və “şüa diaqnostikası, şüa terapiyası” ixtisasları və onlarla həmmərz olan ixtisaslarda namizədlik dissertasiyalarının müdafiəsi üzrə Dissertasiya şurası fəaliyyət göstərir. Mərkəzdə klinik ordinatura vasitəsi ilə Respublikanın praktik səhiyyəsi üçün daim ixtisaslaşmış kadrlar hazırlığı keçirilir. Onkologiya, şüa diaqnostikası və şüa terapiyası sahələrində çalışmağa qərara almış həkimlər burada internatura kursları keçirlər.MOM azərbaycan mütəxəssislərinin əksəriyyəti hazırlıq keçmiş və hazırda da keçən Rusiya TEA-nın N.N.Bloxin ad. Onkoloji Elmi Mərkəzi ilə sıx əlaqələrini davam etdirir.
7 mart 2012- ci ildə Milli Onkologiya Mərkəzinin nəzdində regionda birinci olan Uşaq onkoloji klinikası açılmışdır. Uşaq onkoloji mərkəzinin yaradılmasında Azərbaycan Respublikasının birinci xanımı , Heydər Əliyev fondunun prezidenti, YUNESKO və İSESKO-nun xoşməramlı səfiri Mehriban xanım Əliyevanın və Milli onkologiya mərkəzinin direktoru Əliyev Cəmil Əziz oğlunun böyük əməyi vardır. Hazırda Uşaq onkoloji mərkəzi regionda flaqmandır. İnstitutda kompleks mülicənin bütün növləri mükəmməliklə icra edilir-kimyəvi terapiya, şüa terapiyası, cərrahi müalicə, immunoterapiya və s. Korpusda uşaq cərrahiyyə, uşaq kimyaterapiya, uşaq şüa terapiya və uşaq reanimasiya vıə anesteziologiya şöbələri fəaliyyət göstərir.
19 yanvar 2015-ci ildə Azərbaycan Respublikası Səhiyyə Nazirliyi Milli Onkologiya Mərkəzi və Belçikanın Orfit Industries şirkəti arasında əməkdaşlıq sazişi imzalanmışdır. Orfit Industries şirkəti dünyada şüa müalicəsundə istifadə edilən fiksəedici avadanlıqları layihələşdirən və istehsal edən lider təşkilatdır. Bu sazişlə Milli Onkologiya Mərkəzinə rəsmi olaraq beynəlxalq tədris və sınaq mərkəzi statusu verilmişdir. İmzalanan saziş bir daha Azərbaycan Respublikası Milli Onkologiya Mərkəzində onkoloji xəstələrə yardımın yüksək səviyyəsinin dünyanın digər lider klinikalar tərəfindən qəbul olunmasını təsdiq edir.