К концу 30-х – началу 40-х годов XX столетия стало очевидно, что одной из наиболее важных причин, препятствующих развитию онкологии в Азербайджане, является отсутствие специализированного научно-медицинского учреждения, занимающегося проблемами злокачественных опухолей. В связи с этим в январе 1941 года в соответствии с Постановлением Совнаркома и Наркомздрава Азербайджанской Республики №2928 от 10 декабря 1940 года в Баку был организован Азербайджанский Государственный Научно-исследовательский институт рентгено-радиологии (НИИ РР). Возглавил Институт один из организаторов онкологической службы в Азербайджане профессор И.С.Гинзбург.
В связи с возросшей ролью Центра в руководстве научной и практической онкологией Министерство Здравоохранения Азербайджана возложило на РОНЦ исполнение функций головного научно-исследовательского учреждения Республики в области изучения рака и поэтому в феврале 1988 г Институт был реорганизован и переименован в Республиканский онкологический научный центр (РОНЦ).В марте 1990 года директором Центра был назначен академик АМН РФ Д.А.Алиев, возглавляющий Центр по настоящее время.
Начинают разрабатываться и реализовываться в масштабах Республики скрининговые программы по ранней диагностике рака молочной железы и легкого, что приводит к существенному снижению запущенных форм данных заболеваний в Республике. Также были разработаны комплексные методы лечения и реабилитации больных раком молочной железы, включающие органосохранные операции. Начаты перспективные исследования по созданию новых противоопухолевых препаратов. Для этих целей был построен виварий и организовано новое научно-клиническое подразделение, задачами которого являлась разработка методов лекарственного лечения рака.
За минувшие годы сотрудниками Центра был выполнен большой объем научных исследований в области совершенствования организационной структуры онкологической службы Республики, ранней диагностики злокачественных опухолей, разработки и совершенствования лекарственного лечения рака. Значительные успехи были достигнуты в разработке методов реабилитации и лечения опухолей ряда локализаций, включающих органосохранные операции.
Имея большой научный потенциал и современное материально-техническое оснащение, НЦО обеспечивает проведение многопрофильных научных исследований не только в области онкологии, но и по ряду смежных, связанных с ней, проблем. НЦО выполняет функции головного центра, координирующего всю научно-методическую и профилактическую работу по оказанию специализированной онкологической помощи населению Азербайджана.
В 2006 в составе НЦО для проведения бесплатного комплексного медицинского обследования населения различных регионов Азербайджанской Республики году был создан Мобильно-диагностический комплекс. В состав комплекса входит новейшее медицинское оборудование (УЗИ, рентгенография, эндоскопия, клинико-биохимическая и морфологическая лаборатория) и высокоспециализированные врачи (маммолог, гинеколог, рентгенолог и т.д.). Основной целью мобильный диагностического комплекса является скрининг, раннее обнаружение пред-опухолевых и опухолевых заболеваний населения отдалённых регионов страны с последующим направлением их в больницу соответствующего профиля.
В последние годы Национальный центр онкологии тесно сотрудничает с ведущими компаниями мира занимающихся производством новейших технологий, необходимых для лечения онкологических больных. Так 8 октября 2014 года было подписано соглашение между Национальным центром онкологии МЗ АР и фирмой “VarianMediсalSystems” США, проектирующая и производящая самые новейшие технологии, необходимые для проведения лучевой терапии при онкологических заболеваниях. Подписанное соглашение является подтверждением того, что ведущие мировые клиники согласны с тем, что в Национальном центре онкологии онкологическим больным оказывается высокоспециализи-рованная медицинская помощь. Одновременно данное соглашение даст возможность дальнейшему расширению сотрудничества между партнёрами, внедрению новейших технологий в Азербайджан в кратчайшие сроки и будет способствовать усилению обмена опытами и мнениями с иностранными специалистами.
Сегодня Национальный центр онкологии является крупнейшим и ведущим в Азербайджане специализированным научно-исследовательским учреждением с клинической базой на 650 коек, в котором изучаются вопросы, касающиеся этиопатогенеза, диагностики, лечения и профилактики злокачественных новообразований.