Naftalan Şəhər Məhkəməsi birinci instansiya məhkəməsi kimi Naftalan şəhərinin ərazisi çərçivəsində qanunla səlahiyyətlərinə aid edilmiş mülki, cinayət, inzibati xətalara dair və digər işlərə baxır.Naftalan Şəhər Məhkəməsi 1993-cü ilin yanvar ayından Naftalan Şəhər Xalq Məhkəməsi kimi, hazırda isə Naftalan Şəhər Məhkəməsi kimi fəaliyyət göstərir.