Azərbaycan Respublikasının Hərbi Prokurorluğu tutulmuş və həbs edilmiş hərbi qulluqçuların saxlanıldığı yerlərdə, intizam hissələrində, eləcə də cəzaların hərbi hissələrdə icra edilməsi zamanı qanunlara və hərbi nizamnamələrə əməl olunmasına nəzarət edir. Azərbaycan Respublikasının Silahlı Qüvvələrində keçirilən idarədaxili yoxlamaların materiallarını tələb edir, Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrində əmlakın talanması, hərbi xidmət əlehinə, habelə hərbi qulluqçular tərəfindən törədilən və ya hazırlanan digər cinayətlər barədə ərizə, şikayət, müraciət, əməliyyat-axtarış fəaliyyəti subyektlərinin məlumatları və qanunvericiliklə müəyyən edilmiş digər məlumatlar əsasında Azərbaycan Respublikası Hərbi prokurorunun qərarı ilə yoxlamanın aparılmasını, bu məqsədlə mütəxəssislərin ayrılmasını, habelə araşdırılan faktların cinayət işinin başlanmasına kmfayət qədər əsəs verib-verməməsindən asılı olaraq müvafiq qərarın qəbul edilməsini təmin edir.
Hərbi prokurorluq öz vəzifələrini hərbi idarəetmə orqanlarından, komandanlıqdan asılı olmayaraq icra edir.Hərbi prokurorluqların işçiləri xidməti fəzifələrinin icrası ilə əlaqədar bütün hərbi idarəçilik orqanlarının, hərbi hissələrin, hərbi müəssisə və idarələrin bina və ərazilərinə maneəsiz daxil ola bilərlər.zərbaycan Respublikası Hərbi Prokurorluğunda idarə, şöbə və digər struktur bölmələri yaradıla bilər. İdarə və şöbələrinin rəisləri və müavinləri Hərbi prokurorun böyük köməkçiləri və köməkçiləri hesab edilir. İdarə və şöbələrə prokurorlar və müstəntiqlər təyin edilə bilər.Azərbaycan Respublikası Hərbi Prokurorluğunun işçilərini Azərbaycan Respublikasının Baş prokuroru vəzifəyə təyin və vəzifədən azad edir.
Azərbaycan Respublikası Hərbi prokuroru həmin şəxslərin vəzifəyə təyin və vəzifədən azad edilməsi barədə təqdimat verə bilər.Azərbaycan Respublikası Hərbi prokuroru öz səlahiyyətləri çərçivəsində əmr, göstəriş, digər aktlar verir və onların icrası Hərbi Prokurorluğun bütün işçiləri üçün məcburidir.Hərbi prokurorluq orqanlarının zabitləri «Hərbi xidmət haqqında» Azərbaycan Respublikasının Qanununa əsasən Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrində hərbi xidmət keçir və onlar «Hərbi qulluqçuların statusu haqqında» Azərbaycan Respublikasının Qanunu və digər qanunlarla müəyyən edilmiş hüquq və imtiyazlara malikdirlər.Hərbi prokurorluq orqanlarında qulluq edən vətəndaşların hərbi xidmətə çağırışı, onların ehtiyata və istefaya buraxılması Azərbaycan Respublikası Hərbi prokuroru tərəfindən həyata keçirilir.