Sovet dövründə, 1935 - ci ildə SSRİ EA - nın Azərbaycan filialının, 1954 - cü ildə isə Tarix İnstitutu nəzdində Xarici Şərq ölkələri tarixi şöbəsinin yaradılması ilə Azərbaycanda Şərqin sistemli şəkildə tədqiqi başlandı. Azərbaycan MEA Şərqşünaslıq İnstitutu (1967 - 1984 - cü illərdə Yaxın və Orta Şərq xalqları institutu) 1958 - ci ildə Respublika Nazirlər Sovetinin qərarı ilə EA - nın digər institutlarında fəaliyyət göstərən müvafiq şöbə və qrupların əsasında yaradılmışdır.Şərqşünaslıq İnstitutunun mövcud olduğu illər ərzində Yaxın və Orta Şərq ölkələrinin tarixi, bu region xalqlarının ictimai-mədəni inkişafı və Azərbaycanla çoxəsrlik mədəni-tarixi əlaqələri institut əməkdaşları tərəfindən tədqiq edilmişdir. İndiyədək institut əməkdaşlarının 400-dən artıq elmi kitabı və bir neçə min elmi məqaləsi çap edilmişdir.
İnstitutun kollektivi öz elmi fəaliyyətini şərqşünaslığın ən aktual problemlərini tədqiq etməyə yönəltmişdir. Türkiyə, İran və Ərəb ölkələrinin tarixi, ictimai-siyasi və iqtisadi inkişafı, Şərq xalqlarının filologiyası, islam tarixi, müasir Yaxın Şərqdə din və ictimai fikir cərəyanları və digər sahələr İnstitut əməkdaşlarının diqqət mərkəzindədir. Son illər xüsusi aktuallıq kəsb edən Güney Azərbaycanın iqtisadi, ictimai və mədəni inkişaf problemləri, habelə islam fundamentalizmi və s. bu kimi məsələlərin tədqiqi daha geniş vüsət almışdır.Ötən müddət ərzində institutda 400-dən artıq monoqrafiya, məqalələr məcmuəsi və kitab nəşr edilmişdir.1998-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyevin fərmanı ilə Şərqşünaslıq institutuna akademik Z.M.Bünyadovun adı verilmişdir.
İnstitutun hazırda Türkiyə, Almaniya, Hollandiya, İran, Birləşmiş Ərəb Əmirlikləri, Misir Ərəb Respublikası və s. ölkələrinin universitet və elmi mərkəzləri, habelə Türk Tarix Qurumu ilə sıx elmi əlaqələri vardır. Həmçinin institut UNESCO-nun dəstəyi ilə fəaliyyət göstərən Beynəlxalq Mərkəzi Asiya Araşdırmaları İnstitutunun Azərbaycan üzrə əlaqələndiricisidir. İnstitut bir sıra mühüm beynəlxalq elmi konfrans və simpoziumların təşkilatçısı olmuşdur.