1959-cu ildə akademik Y.H.Məmmədəliyevin birbaşa səyi, elmi və təşkilatı dəstəyi ilə bir neçə institutun, o cümlədən AETNİNE, Neft institutu, kimya institutunun bir sıra laboratoriyaları əsasında Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyasının tərkibində Neft Kimya Prosesləri İnstitutu yaradıldı. 1962-ci ildə bu instituta akademik Y.H.Məmmədəliyevin adı verildi. Bu institutun elmi potensialı əsasında 60-cı illərdən etibarən Elmlər Akademiyasının sərbəst institutları, o cümlədən Aşqarlar kimyası, Kimya texnologiyasının nəzəri problemləri, Polimer materialları (keçmiş Xlor Üzvi Sintez). Radiasiya Problemləri İnstitutu, Azəri QazPİ (keçmiş Qazın emalı və nəql olunması üzrə Ümumittifaq Elmi-tədqiqat Layihə İnstitutu) yaradıldı.
Neft sənayesinin 1920-ci ildə milliləşdirilməsindən sonra Azərbaycanda Azərneftin tərkibində mərkəzləşdirilmiş böyük elmi-tədqiqat laboratoriyası – mərkəzi kimya laboratoriyası (MKL) yaradıldı.MKL-nin ilk yaradıcılarından biri professor L.Q.Qurviç olmuşdurş. MKL-nin elmi və təşkilatı fəaliyyəti 1928-ci ildə Moskva şəhərində keçirilən mühüm konfranslarda yüksək qiymətləndirilmiş və 1929-cu ildə MKL-in, Şmidt adına zavodun təcrübə stansiyasının, nefthidravlik laboratoriyasının, neft geologiyası tədqiqat laboratoriyasının, enerji bürosunun birləşdirilməsi ilə Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Neft İnstitutu (AETNİ) yaradılmışdır. Bu instituta 1930-cu ildə V.V.Kuybişevin adı verilmişdir. Bu institutun tərkibində böyük neft emalı şöbəsi yaradılmışdır.
1930-1945-ci illər ərzində burada neft emalı, neft çıxarma, neft kimyası üzrə əsas elmi tədqiqat işləri aparılmışdır. Bu illər ərzində termiki-krekinq qurğuları, yüksək məhsuldarlığa malik digər qurğular, yağtəmizləmə zavodları və s. məhz AETNİ elmi işləri və birbaşa təşkilatı dəstəyi ilə yaradılmışdır. AETNİ birbaşa SSRİ Xalq Neft komissarlığına (XNT) tabe idi və burada işlənib hazırlanan proseslər nəinki respublikada, həm də keçmiş Sovetlər məkanında geniş tətbiqini tapmışdır. SSRİ XNT-nin tərkibində dəyişikliklərin aparılması ilə əlaqədar olaraq, 1945-ci ildə AETNİ-nin tərkibindən sərbəst Azərbaycan Elmi-tədqiqat neft emalı institutu yaradıldı (AETNİ).
Rəsmən institutun yaradılma tarixi 1929-cu il hesab olunur və o ildən etibarən hal-hazırki dövrə qədər akademik Y.H.Məmmədəliyev adına AMEA Neft Kimya Prosesləri İnstitutu fəaliyyət göstərir və respublikanın neft emalı və neft kimya elminə öz töhvəsini verməkdədir.Bu illər ərzində elmi tədqiqatların inkişafında və milli elmi kadrların yetişdirilməsində görkəmli alimlərin L.Q.Qurviçin, N.D.Zelinskinin, S.S.Namyotkinin, N.İ.Çernojukovun, Y.H.Məmmədəliyevin, V.S.Əliyevin, Ə.M.Quliyevin, M.A.Dalinin, R.H.İsmayılovun, S.C.Mehdiyevin və başqalarının böyük rolu olmuşdur.