Misir Ərəb Respublikası Azərbaycan Respublikasının müstəqilliyini 26 dekabr 1991-ci ildə tanıyıb. 4 aprel 1992-ci ildə isə diplomatik münasibətlərin yaradılması haqqında Protokol imzalanıb. 1993-cü ilin aprel ayındanMisirin Bakıda və 1994-cü ilin yanvar ayından Azərbaycanın Qahirədə səfirlikləri fəaliyyətə başlayıb. Bu, həm də Azərbaycanın Afrika qitəsindəki ilk səfirliyidir.Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsinin həlli məsələsində Misir Azərbaycanın ərazi bütövlüyünü dəstəkləyən dövlətlərdəndir. İslam Konfransı Təşkilatı və digər beynəlxalq qurumlarda da Azərbaycan həmişə Misir nümayəndələrinin dəstəyini qazanıb.
1994-cü ilin sentyabrında Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyev BMT-nin Əhali və İnkişaf üzrə Beynəlxalq Konfransında iştirak etmək üçün Qahirəyə işgüzar səfər edib. Səfər çərçivəsində o, Misir Prezidenti Hüsnü Mübarəklə görüşüb. Görüş zamanı Azərbaycanla Misir arasında münasibətlərin möhkəmləndirilməsi və əməkdaşlığın yeni perspektivlərinin müəyyənləşdirilməsi istiqamətində çox mühüm məsələlər müzakirə edilib.İki ölkənin prezidentləri Heydər Əliyev və Hüsnü Mübarək həmin ilin dekabrında Kasablankada İslam Konfransı Təşkilatının zirvə toplantısında da görüşüblər. Həmin görüşdə ikitərəfli münasibətlər, Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsi, Azərbaycanın ərəb dünyası ilə əlaqələri müzakirə olunub.
6-8 may 2007-ci il tarixində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Misir Ərəb Respublikasında rəsmi səfərdə olub. Səfərin birinci günündə Qahirədə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin və Misir Ərəb Respublikasının Prezidenti Hüsni Mübarəkin təkbətək görüşü olub. Görüşdə ölkələrimiz arasında əlaqələrin müxtəlif sahələrdə uğurla inkişaf etdiyi bildirilib. Azərbaycan Prezidentinin bu səfərinin qarşılıqlı münasibətlərin daha da genişləndirilməsinə imkan yaradacağına əminlik vurğulanıb.İlham Əliyev mayın 6-da Qahirədə Azərbaycan Respublikasının Misir Ərəb Respublikasındakı səfirliyinin yeni binasının açılış mərasimində iştirak edib. Açılışda Misir Ərəb Respublikasının Bas Naziri Əhməd Nazif, Beynəlxalq Əməkdaşlıq Naziri Faizə Əbul Nəqa, Neft Naziri Samih Fəhmi, Misir Xalq Məclisinin (Parlamentin) deputatları, Hakim Milli Demokratik Partiyasının üzvləri və digər rəsmi şəxslər iştirak ediblər.