Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyevin rəhbərliyi və yaxından iştirakı ilə aparılmış məhkəmə hüquq islahatlarının ilkin nəticələrindən biri olaraq respublikamızda üçpilləli məhkəmə sistemi – birinci instansiya, apellyasiya instansiyası və kassasiya instansiyası məhkəmələri yaradılmış və bu sistem Azərbaycan Respublikasında məhkəmə sisteminin müasirləşdirilməsi və “Azərbaycan Respublikasının bəzi qanunvericilik aktlarına dəyişikliklər və əlavələr edilməsi haqqında” Azərbaycan Respublikası Qanununun tətbiq edilməsi barədə Azərbaycan Respublikası Prezidenti İlham Əliyevin imzaladığı 19 yanvar 2006-cı il tarixli Fərmanla yeni mərhələyə qədəm qoymuşdur.
16 iyul 2007-ci ildən fəaliyyətə başlamış Bakı Apellyasiya Məhkəməsi mülki, inzibati və iqtisadi mübahisələrə dair, cinayət və inzibati xətalara dair işlər üzrə yuxarı instansiya məhkəməsidir.Bakı Apellyasiya Məhkəməsi Rəyasət Heyətindən, Mülki Kollegiyadan, İnzibati-İqtisadi Kollegiyadan, Cinayət Kollegiyasından və Hərbi Kollegiyadan ibarətdir.Bakı Apellyasiya Məhkəməsinin kollegiyaları apellyasiya instansiyası məhkəməsi kimi öz ərazi yurisdiksiyasına aid edilmiş birinci instansiya məhkəmələri tərəfindən baxılmış işlər üzrə qərarlardan verilmiş apellyasiya şikayətləri və apellyasiya protestləri üzrə işlərə baxır.
- Bakı Şəhəri Binəqədi Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Şəhəri Xəzər Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Şəhəri Xətai Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Şəhəri Qaradağ Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Şəhəri Nərimanov Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Şəhəri Nəsimi Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Şəhəri Nizami Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Şəhəri Pirallahı Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Şəhəri Sabunçu Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Şəhəri Səbail Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Şəhəri Suraxanı Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Şəhəri Yasamal Rayon Məhkəməsi;
- Bakı Ağır Cinayətlər Məhkəməsi (Bakı Apellyasiya Məhkəməsinin yurisdiksiyasına daxil olan ərazi vahidlərində baş vermiş cinayətlərlə bağlı işlər və digər materiallar üzrə);
- Bakı Hərbi Məhkəməsi (Bakı Apellyasiya Məhkəməsinin yurisdiksiyasına daxil olan ərazi vahidlərində baş vermiş cinayətlərlə bağlı işlər və digər materiallar üzrə);
- 1 saylı Bakı İnzibati-İqtisadi Məhkəməsi;
- 2 saylı Bakı İnzibati-İqtisadi Məhkəməsi.