Elm və Təhsil Mərkəzi “Təfəkkür” Universiteti ali təhsil müəssisəsi kimi 1992-ci ildən fəaliyyətə başlamışdır. Azərbaycan Kommersiya İnstitutunun hüquqi varisidir. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 24 sentyabr 1994-cü il tarixli 212 saylı fərmanı ilə yaradılmış Dövlət Ali Ekspert Komissiyasının rəyi əsasında Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 11 sentyabr 1995-ci il tarixli 202 saylı qərarı ilə “Təfəkkür” Universiteti qeyri-dövlət ali təhsil müəssisəsi kimi qeydə alınmışdır. Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin “Təfəkkür” Universitetinin qeydiyyata alınması haqqında” 11 sentyabr 1995-ci il tarixli 202 saylı qərarına əlavələr və dəyişikliklər edilməsi haqqında 29 may 1996-cı il tarixli 67 saylı qərarına əsasən “Təfəkkür” Universiteti Elm və Təhsil Mərkəzi “Təfəkkür” Universiteti adlandırılmışdır.
Elm və Təhsil Mərkəzi “Təfəkkür” Universitetinin vəsadətini nəzərə alaraq Azərbaycan Respublikası təhsil nazirinin “Magistraturanın yaradılması barədə” 30 aprel 1999-cu il tarixli 295 saylı əmri ilə universitetdə magistr hazırlığına icazə verilmişdir. Universitetdə bakalavriat, magistratura səviyyələrində ixtisaslar üzrə bütün tədris planları baza təhsil proqramlarına uyğun hazırlanmış və təsdiq edilmişdir.Universitetin idarə olunması və onun fəaliyyəti Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyası ilə tənzimlənir və təhsil sahəsində Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyinə, ali təhsil müəssisələri haqqında əsasnaməyə, Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin normativ aktlarına, Elm və Təhsil Mərkəzi “Təfəkkür” Universitetinin Nizamnaməsinə, Təhsil Nazirliyi tərəfindən tövsiyə edilən normativ sənədlərə müvafiq olaraq həyata keçirilir.
Tədris, elmi proses və Nizamnamə ilə nəzərdə tutulmuş bütün fəaliyyət növləri üçün müvafiq qərarlar və şəhadətnamələr mövcuddur.Universitetdə idarəetmə fəaliyyəti təsisçilər, Elmi Şura, rektor, prorektor, Tədris-metodiki idarə, fakültələr, kafedralar tərəfindən həyata keçirilir. Universitetin fəaliyyətinə bilavasitə rəhbərlik rektor və prorektor tərəfindən həyata keçirilir.Universitetdə 2 fakültə fəaliyyət göstərir: