«Hərbi vəzifə və hərbi xidmət haqqında» Azərbaycan Respublikası Qanununun tətbiqi barədə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 13 Fevral 2012-ci il tarixli Fərmanına əsasən “Hərbi vəzifə və hərbi xidmət haqqında” Azərbaycan Respublikasının 2011-ci il 23 dekabr tarixli 274-IVQ nömrəli Qanununun qüvvəyə minməsi ilə əlaqədar həmin Qanunun tətbiqini təmin etmək və müvafiq sahədə idarəetmə strukturunun təkmilləşdirilməsi, onun müasir tələblərə uyğun qurulması məqsədi ilə Azərbaycan Respublikası Müdafiə Nazirliyinin tabeliyində olan Azərbaycan Respublikasının Hərbi Komissarlığı, Naxçıvan Muxtar Respublikasının Hərbi Komissarlığı, rayon, şəhər, şəhər rayonu hərbi komissarlıqları ləğv edilmiş və onların əsasında Azərbaycan Respublikasının Səfərbərlik və Hərbi Xidmətə Çağırış üzrə Dövlət Xidməti yaradılmışdır.
Azərbaycan Respublikasının Səfərbərlik və Hərbi Xidmətə Çağırış üzrə Dövlət Xidmətinin strukturunda - Xidmətin aparatı, Xidmətin strukturuna daxil olan qurumlar (yerli idarələr, şöbələr və bölmələr) və tabeliyində olan digər qurumlar (hüquqi şəxslər, təşkilatlar və s.), habelə Naxçıvan Muxtar Respublikasının Səfərbərlik və Hərbi Xidmətə Çağırış üzrə Dövlət Xidməti Xidmətin vahid sistemini təşkil edir. Xidmət öz fəaliyyətini bilavasitə və həmin qurumlar vasitəsilə həyata keçirir.Xidmətin hərbi qulluqçuları “Hərbi vəzifə və hərbi xidmət haqqında” və “Hərbi qulluqçuların statusu haqqında” Azərbaycan Respublikasının qanunlarına, “Hərbi xidmətkeçmə haqqında” Əsasnaməyə, Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin nizamnamələrinə və digər qanunvericilik aktlarına müvafiq olaraq həqiqi hərbi xidmət keçir, Silahlı Qüvvələrin hərbi qulluqçuları üçün nəzərdə tutulmuş hüquq və imtiyazlardan istifadə edirlər. Xidmətdə dövlət qulluqçuların qulluq keçməsi “Dövlət qulluğu haqqında” Azərbaycan Respublikası Qanununun, dövlət qulluqçusu olmayan mülki işçilərlə əmək münasibətləri isə Azərbaycan Respublikası Əmək Məcəlləsinin müvafiq normaları ilə tənzimlənir.
Azərbaycan Respublikasının Səfərbərlik və Hərbi Xidmətə Çağırış üzrə Dövlət Xidməti Azərbaycan Respublikası vətəndaşlarının hərbi-vətənpərvərlik tərbiyəsi, müddətli həqiqi hərbi xidmətə çağırışaqədərki hazırlığı, həqiqi hərbi xidmətə çağırışı, ehtiyatda xidmətkeçməsi, səfərbərlik hazırlığı və səfərbərlik üzrə çağırışı, xüsusi hərbi ixtisaslar üzrə hazırlığı, ali təhsil müəssisələri tələbələrinin zabitlər hazırlanan xüsusi proqram üzrə hərbi hazırlığı, Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin və qanunvericiliklə nəzərdə tutulmuş digər silahlı birləşmələrin sülh dövründə çağırışçılarla, səfərbərlik zamanı və müharibə dövründə Silahlı Qüvvələrin və digər silahlı birləşmələrin, habelə xüsusi birləşmələrin hərbi vəzifəlilərlə və hərbi-nəqliyyat vasitələri ilə, eləcə də mülki heyət vəzifələrində işləmək üçün vətəndaşlarla komplektləşdirilməsi sahələrində dövlət siyasətini və tənzimlənməsini həyata keçirən mərkəzi icra hakimiyyəti orqanıdır.Xidmət öz fəaliyyətində Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyasını, Azərbaycan Respublikasının tərəfdar çıxdığı beynəlxalq müqavilələri, Azərbaycan Respublikasının qanunlarını, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərman və sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərar və sərəncamlarını, Xidmətin Əsasnaməsini və normativ hüquqi aktlarını rəhbər tutur.