Bakı Gömrüyü ilk dəfə Rusiya İmperiyası Senatının 25 yanvar 1807-ci il tarixli fərmanı ilə 1809-cu ildə təsis edilmiş, Həştərxan gömrük dairəsinin tərkibinə daxil edilmişdi. “Zaqafqaziya ölkəsində gömrük idarəetməsi barədə Əsasnamə”yə görə o, 31 iyul 1831-ci il tarixdən Zaqafqaziya gömrük dairəsinin tabeliyinə verilmiş və 1832-ci ildən etibarən “Bakı anbar gömrükxanası” adını almışdır.4 may 1847-ci ildən Bakı Gömrüyü Zaqafqaziya Karantin-Gömrük dairəsinin tabeliyində olan Bakı Karantin-Gömrük idarəçiliyinə çevrilir. Qafqaz canişini tərəfindən 31 mart 1861-ci il tarixdə təsdiq edilmiş “Qafqaz və Zaqafqaziyada Karantin-gömrük hissəsinin yenidən təşkili barədə Əsasnamə”yə görə bü idarə Bakı Karantin-Gömrük Kontoruna çevrilmiş və yeni yaradılmış Bakı Karantin-Gömrük dairəsinin idarəçiliyinə tabe edilmişdi.
1897-ci il dekabr ayının 8-də “Rusiyanın Avropa hissəsi və Qafqazda gömrük təşkilatlarının ştatları” barədə qanuna əsasən Bakı Karantin-Gömrük Kontoru Bakı Gömrük Dairəsi idarə heyəti tabeliyində Bakı Gömrükxanasına çevrilir və 1 iyun 1911-ci ildə Tiflisdəki Qafqaz Gömrük Dairəsinin idarəçiliyinə tabe edilir.
1911-ci ildən 1918-ci ilə qədər Bakı Gömrüyü Senat tərəfindən 21 yanvar 1911-ci ildə təsdiq edilmiş “Rusiya İmperiyası Gömrüklərinin Nizamnaməsi” əsasında fəaliyyət göstərmişdir.1918-1920-ci illərdə gömrükxana Azərbaycan Demokratik Respublikasının Maliyyə Nazirliyinin tabeçiliyində fəaliyyət göstərmiş və onun funksiyalarında əhəmiyyətli dəyişikliklər baş vermişdir.
1955-ci ildə gəmi və yük şöbələri vahid gəmi-yük şöbəsinə çevrildi, məhkəmə-müsadirə şöbəsi isə bəzi repressiv funksiyalarını itirərək qaçaqmalçılığa qarşı mübarizə qrupuna çevrildi.1956-1988-ci illərdə Bakı Gömrükxanasının strukturunda mütamadi olaraq müxtəlif dəyişikliklər aparılmışdır.1989-cu ilin yanvar ayının 27-də SSRİ Nazirlər Sovet yanında Dövlət Gömrük Nəzarəti Baş İdarəsinin 17 saylı əmri ilə Bakı Gömrükxanası əsasında Azərbaycan Respublikası Gömrükxanası yaradıldı və Respublikadakı digər gömrükxanalar (Culfa və Astara) onun tabeçiliyinə verildi.Azərbaycan Respublikası müstəqilliyini bərpa etdikdən sonra 1992-ci ilin yanvar ayında prezident fərmanı ilə Azərbaycan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsi yaradıldı.