Azərbaycan Respublikasının Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsi dini fəaliyyət sahəsində dövlət siyasətinin həyata keçirilməsini, dini qurumlarla bağlı qanunvericiliyin müddəalarına riayət olunması, müvafiq icra hakimiyyəti orqanlarının dini qurumlarla bağlı fəaliyyətinin əlaqələndirilməsini təmin edən mərkəzi icra hakimiyyəti orqanıdır.
Məlumdur ki, müstəqillik illərində cəmiyyətin dini həyatında ciddi müsbət dəyişikliklər baş vermişdir. Hər şeydən əvvəl, dini etiqad azadlığına təkcə sözdə yox, həm də praktikada geniş imkanlar yaradılmış, dövlət, sözün həqiqi mənasında, vicdan azadlığının təminatçısı olmuşdur. Söz yox ki, yeni şəraitdə dini fəaliyyət sahəsində dövlət siyasətini həyata keçirən qurumun yaradılması təkcə dövlət üçün deyil, eyni zamanda dini qurumlar üçün də vacib bir amildir. Azərbaycan dövləti dünyəvi bir dövlətdir. Lakin dünyəvilik dini inkar etmək deyil, bu dövlətin siyası qurumunun məzmununu müəyyən edir. Din insanların cəmiyyət qarşısında məsuliyyətlərini daha da artırır, vətənə məhəbbət hissini gücləndirir. Dövlətin imanlı, əqidəli vətəndaşlara ehtiyacı var və dövlət mənəviyyatımızı milli sərvətin tərkib hissəsi kimi qiymətləndirir, ona qayğı göstərir. Dövlətin dinə münasibətində də siyasətinin əsasını məhz bu amil təşkil edir.
Digər tərəfdən, bu gün Azərbaycan xarici aləmə açıq cəmiyyətdir. Müstəqil Azərbaycanda xarici dövlətlərin səfirlikləri, beynəlxalq təşkilatların nümayəndəlikləri, müxtəlif mədəniyyət mərkəzləri, humanitar yardım və xeyriyyə təşkilatları, ayrı-ayrı dinlərə etiqad edən iş adamları fəaliyyət göstərir. Son dövrlərədək əhalinin böyük əksəriyyətinin xəbəri olmayan müxtəlif yönümlü, Azərbaycan üçün xas olmayan dini əqidələr, qeyri-ənənəvi dini cərəyanlardan törənmiş sektalar cəmiyyətə nüfuz edir, müxtəlif yollarla insanların şüuruna və qəlbinə yol tapır. Bütün bu ziddiyyətli prosesin müvafiq qanunvericilik çərçivəsində tənzimlənməsi, Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasının vicdan azadlığı barədə müddəalarının həyata keçirilməsi üçün müvafiq şəraitin yaradılması, dini etiqad azadlığı ilə bağlı qanunvericilik aktlarına riayət olunmasına nəzarətin təmin edilməsi və dini qurumların qeydiyyata alınması Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsinin yaradılmasını aktuallaşdırırdı.Azərbaycan Respublikasının Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsi Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 21 iyun 2001-ci il tarixli 512 nömrəli Fərmanı ilə yaradılmışdır.
Dini etiqad azadlığının həyata keçirilməsi üçün müvafiq şəraitin yaradılması, dini qurumların Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi ilə nəzərdə tutulmuş qaydada dövlət qeydiyyatının aparılması, bu qurumların nizamnamələrinə (əsasnamələrinə) müvafiq qaydada dəyişikliklər və əlavələr edilməsinin təmin olunması, dini qurumların xahişi əsasında dövlət orqanları ilə razılaşmalar əldə edilməsində və dövlət orqanları tərəfindən həlli tələb olunan məsələlərdə dini qurumlara lazımi yardım göstərilməsi, müxtəlif dini etiqadların dini qurumları arasında qarşılıqlı anlaşmanın və bir-birinə dözüm və hörmətli münasibətin möhkəmlənməsinə kömək edilməsi, dini zəmində qarşıdurma və ayrı-seçkilik hallarının, digər mənfi təzahürlərin qarşısının alınması Komitənin əsas vəzifələridir.