Qafqaz Universiteti Azərbaycan Respublikası Xalq Təhsili Nazirliyinin nəzdindəki Dövlət Ali Ekspert Komissiyasının 1 may 1993-cü il tarixli, 11/1 saylı qərarı ilə fəaliyyətə başlamış, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 11 sentyabr 1995-ci il tarixli, 203 saylı qərarı ilə dövlət qeydiyyatından keçmişdir. Daha sonra mövcud qaydalara əsasən 20.08.2002-ci il tarixdə Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyi tərəfindən lisenziya verilməsi ilə Universitetin statusunun qanunauyğunluğu bir daha təsbit olunmuşdur.