Azərbaycan Respublikası müstəqillik əldə etdikdən sonra mülki aviasiya sahəsində milli kadrlara olan ehtiyacın ödənilməsi məqsədilə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 15 iyun 1992-ci il tarixli 337 saylı qərarı ilə «Azərbaycan Hava Yolları» Dövlət Konserni (indiki «Azərbaycan Hava Yolları» Qapalı Səhmdar Cəmiyyəti) nəzdində Milli Aviasiya Mərkəzi yaradıldı. Mərkəzin direktoru professor İlyas Musa oğlu Əliyev təyin edildi. Mərkəzin nəzdində Ümumi texniki fənlər və Humanitar fənlər kafedraları təşkil olundu. 1993-cü ildə Mərkəzdə Hava nəqliyyatının istismarı fakültəsi yaradıldı və mövcud kafedralar bu fakültəyə daxil edildi. Aviasiya xüsusi avadanlığı, İngilis dili kafedraları yaradıldı.Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 24 fevral 1994-cü il tarixli 81 saylı qərarı ilə Milli Aviasiya Mərkəzi Milli Aviasiya Akademiyası (MAA) adlandırıldı. Professor İlyas Əliyev akademiyanın rektoru təyin edildi.
Milli Aviasiya Akademiyası bir fakültə, iki ixtisas, 80 tələbə ilə fəaliyyətə başladı. 1994-cü ildə Hava nəqliyyatının uçuş istismarı fakültəsi və onun nəzdində Hava gəmilərinin uçuş istismarı və aeronaviqasiya, Uçuş aparatlarının və aviasiya mühərriklərinin konstruksiyası və istismarı kafedraları yaradıldı.Həmin ildə MAA-nın nəzdində Elmi tədqiqat Aviasiya institutu (ETAİ) yaradıldı. ETAİ-nin tərkibində Konstruktor-texnoloji, Elmi texniki informasiya və yeni texnikanın tətbiqi, Aviasiya elektronikası və Yeni texnika və texnologiyanın tətbiqi şöbələri yaradıldı. Mülki aviasiyada aktual elmi-texniki problemlərin həlli, uçuşların təhlükəsizliyini təmin edən yeni uçuş və yerüstü vasitələrin yaradılması, eləcə də “Azərbaycan Hava Yolları” Dövlət Konserni aviamüəssisələrinin fəaliyyətini tənzimləyən normativ-texniki sənədlərin işlənməsində bu institut mühüm rol oynadı.
MAA-da tədris prosesinin beynəlxalq aviasiya təşkilatlarının tələblərinə uyğun olaraq qurulması məqsədilə 1999-cu ildən etibarən akademiya Dövlətlərarası Aviasiya Komitəsi (DAK) tərəfindən sertifikarlaşdırılmış və dövri olaraq onun quvvəsi yenilənmişdir. DAK tərəfindən aparılmış sertifikasiyanın nəticəsi olaraq akademiyanın məzunlarının diplomları DAK üzvü olan ölkələrdə tanınmağa başlamışdır.Milli Aviasiya Akademiyası ilə Rusiya, Ukrayna, Latviya, Litva, Böyük Britaniya, Almaniya, Türkiyə, Yunanıstan, Portuqaliya, İtaliya, İsrail, Fransa, ABŞ, Kanada, Yaponiya və s. kimi ölkələrin 50-yə yaxın ali məktəbləri arasında elmi-tədqiqat işlərinin aparılması, dissertasiyaların müdafiə edilməsi, beynəlxalq konqres, konfrans, simpozium və seminarların təşkili ilə bağlı müqavilələr imzalanmışdır.
MAA-da 6 fakültə – Hava nəqliyyatı, Nəqliyyat texnologiyaları, Aerokosmik, Fizika-texnologiya, İqtisadiyyat və hüquq, Qiyabi fakültələr, 24 kafedra və Aviasiya Personalının Hazırlığı Mərkəzi fəaliyyət göstərir.MAA-da mütəxəssis hazırlığı 20 ixtisas üzrə Dövlət Mülki Aviasiya Administrasiyası tərəfindən bəyənilmiş və Təhsil Nazirliyi tərəfindən təsdiq edilmiş Dövlət Təhsil Standartları əsasında aparılır.MAA-nın ən müasir avadanlıqlarla, ixtisaslaşdırılmış auditoriyalarla, laboratoriyalarla, kitabxanalarla təchiz olunmuş beş tədris korpusu, müasir trenajor mərkəzi, idman kompleksi, təcrübə-sınaq istehsalat sahəsi, otel kompleksi, tələbə şəhərciyi vardır. İxtisaslaşdırılmış siniflər və auditoriyalar multimedia avadanlığı, tədrisə və biliyə nəzarətin texniki vasitələri ilə təchiz olunmuşdur.