Azərbaycan Respublikası Kənd Təsərrüfatı Nazirliyi Azərbaycan Respublikası Prezidentinin “Aqrar bölmədə idarəetmənin təkmilləşdirilməsi tədbirləri haqqında” 2004-cü ilin 23 oktyabr 467 nömrəli Sərəncamına əsasən yenidən təşkil edilmişdir.Nazirlik kənd təsərrüfatı məhsullarının istehsalı və emalı, istehsalçılara zəruri xidmətlərin göstərilməsi, baytarlıq, bitki mühafizəsi və karantini, torpaqların səmərəli istifadəsi də daxil olmaqla aqrar bölmədə dövlət siyasətini həyata keçirən mərkəzi icra hakimiyyəti orqanıdır.
Nazirliyin yanında Dövlət Baytarlıq Nəzarəti Xidməti, Dövlət Fitosanitar Nəzarət Xidməti, Azərbaycan Respublikasının Kənd Təsərrüfatı Nazirliyi yanında Bitki Sortlarının Qeydiyyatı və Toxum Nəzarəti üzrə Dövlət Xidməti, Azərbaycan Respublikasının Kənd Təsərrüfatı nazirliyi yanında kənd Təsərrüfatı Layihələri və Kreditlərin İdarə Edilməsi üzrə Dövlət Xidməti fəaliyyət göstərir. Nazirlik həmin xidmətlərin fəaliyyətini əlaqələndirir və onlara nəzarəti həyata keçirir. Bununla yanaşı, Respublika Prezidentinin 21 iyun 2009-cu il tarixli 392 nömrəli Sərəncamı ilə “Aqrolizinq” ASC Kənd Təsərrüfatı Nazirliyinin idarəçiliyinə verilmişdir.
Kənd Təsərrüfatı Nazirliyi özünəməxsus şərəfli bir tarixi yol keçmişdir. 1918-ci il may ayında Azərbaycan Milli Şurası Demokratik Respublikanın ilk hökumətinin tərkibində Əkinçilik və Əmək Nazirliyi, 1918-ci ilin oktyabrında Dövlət Əmlakı və Əkinçilik Nazirliyi və 1920-ci ildə yaradılan Dövlət Torpaq Komissarlığı adları altında 1946-cı ilədək fəaliyyət göstərmişdir.1946-cı ilin yanvarında Torpaq Komissarlığı Əkinçilik Nazirliyinə, həmin ilin fevralında Kənd Təsərrüfatı Nazirliyinə çevrildi. Nazirlər Sovetinin 15 fevral 1947-ci il tarixli qərarı ilə Texniki Bitkilər Nazirliyi Kənd Təsərrüfatı Nazirliyinin tərkibinə daxil edildi.
Azərbaycan KP MK və Nazirlər Sovetinin 3 dekabr 1985-ci il tarixli 392 nömrəli qərarına əsasən, Kənd Təsərrüfatı Nazirliyi, Meyvə-Tərəvəz Təsərrüfatı Nazirliyi, Ət və Süd Sənayesi Nazirliyi, Yeyinti Sənayesi Nazirliyi, Kənd Tikinti Nazirliyi, Pambıqtəmizləmə Sənayesi Nazirliyi, Üzümçülük və Şərabçılıq üzrə Dövlət Komitəsi, Kənd Təsərrüfatının İstehsalat-Texniki Təminatı Dövlət Komitəsi, Nazirlər Soveti yanında Kənd Təsərrüfatının aqrokimyəvi xidmət üzrə elmi-istehsalat birliyi, Nazirlər Soveti yanında Baş Quşçuluq İdarəsi, Kolxoz və Sovxozlarda tikinti üzrə Baş respublika idarəsi ləğv edilərək onların bazasında Dövlət Aqrar Sənaye Komitəsi yaradıldı.1992-ci ildə müstəqil Azərbaycanın Kənd Təsərüfatı və Ərzaq Nazirliyi yaradılmış və 1993-cü ilədək fəaliyyətini davam etdirmişdir. 1993-cü ildə yenidən Kənd Təsərrüfatı Nazirliyi yaradılmış və fəaliyyətini davam etdirir.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2005-ci il 20 aprel tarixli 226 nömrəli Fərmanı ilə təsdiq edilmiş Əsasnamə ilə nəzərdə tutulmuş vəzifə və funksiyalar nazirliyin aşağıdakı strukturları vasitəsilə həyata keçirilir: Dövlət Baytarlıq Nəzarəti Xidməti, Dövlət Fitosanitar Nəzarəti Xidməti, Azərbaycan Respublikasının Kənd Təsərrüfatı Nazirliyi yanında Bitki Sortlarının Qeydiyyatı və Toxum Nəzarəti üzrə Dövlət Xidməti, Azərbaycan Respublikasının Kənd Təsərrüfatı nazirliyi yanında Kənd Təsərrüfatı Layihələri və Kreditlərin İdarə Edilməsi üzrə Dövlət Xidməti, Aqrar Elm və İnformasiya Məsləhət Mərkəzi, rayon (şəhər) idarələri, Baş Dövlət Texniki Nəzarət Müfəttişliyi, Azərbaycan Dövlət Aqrar Universiteti və digər təşkilatlar.