Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 9 avqust 1994-cü il tarixli «Cinayətkarlığa qarşı mübarizənin gücləndirilməsi, qanunçuluğun və hüquq qaydasının möhkəmləndirilməsi tədbirləri haqqında» Fərmanı ilə dövlətin iqtisadi, siyasi əsaslarının təhlükəsizliyi, vətəndaşların həyatı, səhhəti, mülkiyyət hüququ əleyhinə yönəldilən və əsasən mütəşəkkil cinayətkar dəstələr, qanunsuz silahlı birləşmələr tərəfindən törədilən cinayətlərin, rüşvətxorluq və korrupsiya hallarının qarşısının alınması, bu istiqamətdə əməliyyat-xidməti fəaliyyətin həyata keçirilməsi üzrə Daxili İşlər Nazirliyinin və digər dövlət orqanlarının əsas vəzifələri müəyyən edilmiş və Nazirliyin strukturunda Mütəşəkkil Cinayətkarlıqla Mübarizə İdarəsi yaradılaraq cinayətkarlığın ən təhlükəli formasına qarşı mübarizə yeni təşkilati əsaslar üzərində qurulmuşdur.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 6 may 2004-cü il tarixli Sərəncamı ilə təsdiq edilmiş «Azərbaycan Respublikasında İnsan Alverinə Qarşı Mübarizə üzrə Milli Fəaliyyət Planı»na uyğun olaraq, 2004-cü ildə Baş Mütəşəkkil Cinayətkarlıqla Mübarizə İdarəsinin strukturunda İnsan Alverinə qarşı Mübarizə İdarəsi yaradılmışdır.Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 30 iyun 2004-cü il tarixli “Azərbaycan Respublikası Daxili İşlər Nazirliyinin strukturunda dəyişikliklər edilməsi haqqında” 83 nömrəli Fərmanı ilə Mütəşəkkil Cinayətkarlıqla Mübarizə İdarəsi baş idarə səlahiyyətli müəyyən edilmişdir.
Baş İdarənin əsas funksiyalarını Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi və Daxili İşlər Nazirliyinin müvafiq normativ-hüquqi aktları ilə müəyyən edilmiş qaydada mütəşəkkil cinayətkarlığa, o cümlədən terrorizm, banditizm, adamları girov götürmə və hədə-qorxu ilə tələb etmə cinayətlərinə, saxta pul və ödəniş sənədlərinin qanunsuz dövriyyəsinə, insan alverinə, eləcə də mütəşəkkil cinayətkarlığın transmilli və digər növlərinə qarşı mübarizə, bu qəbildən olan cinayətlərin qarşısının alınması, açılması və istintaqı təşkil edir.Baş İdarənin strukturuna adamları girov götürmə və hədə-qorxu ilə tələb etmə cinayətləri ilə mübarizə şöbəsi, banditizm və digər təhlükəli cinayətlərlə mübarizə şöbəsi, saxta pul və ödəniş sənədlərinin qanunsuz dövriyyəsi ilə mübarizə şöbəsi, istintaq şöbəsi, təşkilati-analitik bölmə və digər əməliyyat, təminat qurumları daxildir. İnsan alverinə qarşı mübarizə idarəsi baş idarəyə bilavasitə tabe olan struktur qurumdur.