Azərbaycan Respublikasının miqrasiya sahəsində çoxtərəfli formatda əməkdaşlıq etdiyi əsas tərəfdaşı kimi Beynəlxalq Miqrasiya Təşkilatı (BMqT) çıxış edir. BMqT 1951-ci ildə təsis edilmiş beynəlxalq hökumətlərarası təşkilatdır və mənzil qərargahı Cenevrə şəhərində yerləşir. Hazırda BMqT 156 üzv-dövləti və 11 müşahidəçi-dövləti özündə birləşdirir.Azərbaycan Respublikası Hökuməti və BMqT arasında 8 dekabr 1999-cu ildə Bakı şəhərində imzalanmış Əməkdaşlıq Sazişi təşkilat və ölkəmiz arasında əlaqələrə böyük töhfə vermişdir. 2000-ci ilin oktyabrında Təşkilatın Baş direktoru Brunson Mak Kinli ilk dəfə olaraq Azərbaycana rəsmi səfər etmiş və Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyev ilə görüşmüşdür. Həmin ilin dekabr ayında Azərbaycan Respublikası təşkilatın təsis aktı olan BMqT-nin Konstitusiyasına (1953-cü il) qoşulmuş və həyata keçirilən sözügedən əməkdaşlıq fəaliyyətinin nəticəsi olaraq 2001-ci ilin iyun ayında Azərbaycan BMqT-yə üzv qəbul olunmuşdur.
1996-cı ildə BMqT-nin Bakı ofisi yarandıqdan sonra Azərbaycanda miqrasiya sahəsi üzrə müxtəlif yardım və texniki layihələr həyata keçirilmişdir.Bu layihələr miqrasiya haqqında maarifləndirmə, qanunvericiliyin təkmilləşdirilməsi, sərhəd idarəçiliyi,qayıdış və reinteqrasiya, insan alverinə qarşı mübarizə və s. sahələri əhatə etmişdir. Bu gün ölkədə BMqT-nin Bakı ofisi ilə yanaşı, 1998-ci ildə təsis edilmiş Naxçıvan ofisi və 2006-cı ildə təsis edilmiş Mingəçevir ofisi fəaliyyət göstərir.Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev 2006-cı il iyunun 20-də BMqT-nin Baş direktoru Brunson Mak Kinlini qəbul etmişdir. Baş direktor Azərbaycanda gedən iqtisadi inkişafı xüsusilə vurğulamış və Bakıya əvvəlki səfəri zamanı Heydər Əliyevlə görüşünü məmnuniyyətlə xatırlayaraq onun miqrasiya məsələlərinə xüsusi diqqət yetirdiyini qeyd etmişdir. Öz növbəsində Prezident İlham Əliyev Azərbaycanın beynəlxalq təşkilatlarla, o cümlədən BMqT ilə əlaqələrinin uğurla inkişaf etdiyini vurğulamışdır.
Hazırda, Azərbaycanda BMqT ilə birgə bir sıra layihələr, o cümlədən “Təhsil vasitəsilə insan alverinə dair maarifləndirmənin gücləndirilməsi - Faza III”, “Azərbaycanda potensialın artırılması və texniki yardım vasitəsilə insan alverinə qarşı səmərəli mübarizə üzrə əməkdaşlığın gücləndirilməsi - Faza III”, “Azərbaycanda miqranların hüquqlarını qoruyan səmərəli mexanizmlərin yaradılması”, “Kəhrizlərin bərpası”, “Miqrasiya və ali təhsil: bacarıq və qabiliyyətlərin artırılması (UNIMIG)” və “Səmərəli readmissiya idarəçiliyinin yaradılmasının dəstəklənməsi” layihələri həyata keçirilir.Azərbaycan BMqT ilə sıx əməkdaşlıq edir və təşkilatın Cenevrədə keçrilən rəhbər orqanlarının iclaslarında müntəzəm olaraq iştirak edir.4 iyul 2014-cü il tarixində Azərbaycan Respublikası xarici işlər nazirinin müavini M.Məmməd-Quliyev Cenevrəyə işgüzar səfəri çərçivəsində BMqT-nin Baş direktoru L.Svinqlə görüşmüşdür. Görüş zamanı BMqT və Azərbaycan arasında mövcud olan əməkdaşlıq məsələləri müzakirə olunmuş və Baş direktor Azərbaycana səfər etməyə dəvət olunmuşdur.