История футбольной команды “Интер” начинается с 1997 года. В этом же году в одном из частных высших учебных заведений Азербайджана Университете Хазар была создана одноименная команда, присоединившаяся в ряды Лиги любителей. В очередном сезоне (1998/99) «Университет Хазар» сыграл в Лиге Любителей. В 1999/2000 сезоне «Университет Хазар» начал играть в команде сильнейших чемпионата Азербайджана. Дебютом заняв 11 место в высшей лиге, команда в сезоне 2000/01года заняла 7-ое место, в сезоне 2001/02 года заняла 3-е место. В сезоне 2002/03 года чемпионат страны не проводился. В сезоне 2003/04 года «Университет Хазар» успешно выступил и в Чемпионате Азербайджана занял 4 место. Этот результат дал право команде «Университет Хазар» участвовать в кубке UEFA-İntertoto. На первом этапе соревнования «Университет Хазар» выиграл команду Австрии "Bregents" со счетом 3:0 (+:- ) и 2:1. На втором этапе соперником «Университет Хазар» стала команда Финляндии "Tampere Yunayted". Несмотря на проигрыш в первой встрече со счетом 0:3, на повторной встрече в Баку наша команда выиграла со счетом 1:0 и приостановила свое участие в кубке UEFA-İntertoto. Таким образом, впервые в истории участия азербайджанских клубов в еврокубке, «Университет Хазар» в сезоне одного еврокубка заработал 3 победы. С лета 2004 года команда «Университет Хазар» все права передала новому спортивному клубу "Интер-Баку" и в ХIII Чемпионате Азербайджана команда начала игру под названием "Интер-Баку". Далее в клубе произошли структурные изменения и футбольный клуб "Интер-Баку" был переименован в спортивный клуб "Интер". Название футбольной команды с середины ХIII Чемпионата официально быто утверждено как "Интер". На ХIII Чемпионате "Интер" показал прекрасную игру и в итогом графике занял 7 место. На ХIV Национальном Чемпионате несмотря на то, что "Интер" был близок к одной из первых 3 мест, в итоговом графике выше 4-ое место он не смог подняться. На ХV Чемпионате команда заняла 4-ое место.На ХVI Чемпионате команда стала Чемпионом Азербайджана.В завершившимся сезоне команда заняла 2-ое место.