Zoologiya İnstitutu — Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının strukturuna daxil olan elmi təşkilatdır. Direktor: biologiya elmləri doktoru, AMEA-nın müxbir üzvü İlham Xəyyam oğlu Ələkbərovdur.Əsas fəaliyyət istiqamətləri heyvanlar aləminin növ tərkibinin müəyyənləşdirilməsi, ayrı-ayrı qrupların yayılma xüsusiyyətləri, onların tarixən formalaşması, təkamül xüsusiyyətləri, ekologiyası, xeyirli və zərərli növlərin aşkarlanması, xeyirli növlərin qorunması və artırılması, zərərli növlərə qarşı mübarizə tədbirlərinin elmi əsaslarının hazırlanmasıdır.
1936-cı ildə SSRİ EA Zaqafqaziya Filialının Azərbaycan şöbəsi SSRİ EA-nın müstəqil Azərbaycan fılialına çevrildi. SSRİ EA Azərbaycan fılialı Rəyasət Heyətinin qərarı ilə 1936-cı il martın 1-də Zoologiya bölməsi bazasında Zoologiya İnstitutu təşkil edilmişdir. İnstitutun ilk direktoru professor V.Yelpatyevski (1936-1938) təyin edilmişdir. 1939-cu ildən 1950-ci ilə qədər instituta b.e.n. Ə.Əlizadə, 1950 - 1960-cı illərdə Azərb. SSR EA akademiki S.Əsədov, 1960-cı ilin mart ayından 2011-ci ilədək - yarım əsr müddətində AMEA akademiki M.Musayev rəhbərlik etmişdir. 2011-ci ildən isə instituta rəhbərlik EA-nın müxbir üzvü İ.Ələkbərova həvalə olunmuşdur. İlk vaxtlarda institutun quru və su heyvanları şöbələri entomologiya, ornitologiya, ixtiologiya və hidrobiologiya sahəsində tədqiqatlar aparırdı. Hazırda institutda 5 şöbənin tərkibində 14 laboratoriya, Mingəçevir elmi-təcrübə laboratoriyası və Zooloji muzey fəaliyyət göstərir.
İnstitutda aparıcı alimlər tərəfindən müxtəlif sahələr üzrə elmi məktəblər formalaşmışdır. Akademik M.Musayev tərəfindən yaradılmış Protozoologiya elmi məktəbi Azərbaycanda sərbəstyaşayan təkhüceyrəlilərin, çöl və ev heyvanlarında parazitlik edən, protozoy xəstəliklərin törədicilərinin faunasının, bioloji və ekoloji xüsusiyyətlərinin, parazit-sahib münasibətlərinin formalaşması qanunauyğunluqlarının tədqiqi ilə məşğuldur. Protozooloq alimlər tərəfindən gəmiricilərin koksidi faunası öyrənilmiş və bu heyvanlardan elm üçün yeni 80 növ parazit təsvir edilmişdir. Bu növlərin mövcudluğu beynəlxalq elm aləmində dəstəklənmiş, çap olunmuş monoqrafiya və məqalələrdə öz əksini tapmış və beynəlxalq kataloqlara daxil edilmişdir (ABŞ, Macarıstan).
Tədqiqatların nəticələrinə əsasən "SSRİ-də gəmiricilərin koksidiləri" monoqrafiyası nəşr edilmişdir (M.Musayev, A.Veysov, 1965). Respublikada 22 növ gəmirici heyvandan Eymeria və Isospora cinslərindən olan 125 növ koksidi tapılmışdır. Bundan əlavə, 18 növ vəhşi məməli heyvan (həşəratyeyənlər, yırtıcılar) tədqiq edilmiş və onlarda 45 növ koksidinin parazitlik etdiyi müəyyənləşdirilmişdir. 16 növ eymeriyanın həyat dövrü, 4 növün patogenlik dərəcəsi, oosistalarının dəyişkənliyi öyrənilmişdir (S.İsmayılov). Aparılan ekoloji-faunistik tədqiqatlar nəticəsində vəhşi heyvanlarda və quşlarda parazitlik edən eymeriyaların, sarkosporidilərin, kriptosporidilərin növ tərkibi, sahiblərə görə spesifıkliyi, ekoloji amillərin parazit-sahib sisteminə təsiri, invaziyaların yayılma yolları müəyyənləşdirilmişdir (b.e.d. H.Qaibova, b.e.n. F.Əliyeva, b.e.n. Ş.Manafova, b.e.n. M.Məmmədova).