Mikrobiologiya institutu (əvvəllər Mikrobiologiya sektoru) 1972-ci ildə təşkil olunub.Təşkilatın əsas fəaliyyət istiqamətlərini bioloji aktiv maddələrin produsenti olan mikroorqanizmlərdən istifadənin fizioloji-biokimyəvi və ekoloji əsasları təşkil edir.Təşkilatın struktur bölmələri aşağıdakılardır.
Struktur bölmənin əsas fəaliyyət istiqamətləri: makromisetlərdə oksireduktaza və hidrolazaların sintezinin fizioloji-biokimyəvi və biotexnoloji əsasların tədqiqi.Struktur bölmənin əsas elmi nəticələri: Makromisetlərdə hidrolazaların sintezinin təbiətinin müəyyənləşdirilməsi, bitki mənşəli tullantıların utilizasiyasının bioloji üsullarının elmi və praktik əsaslarının işlənib hazırlanması.
Struktur bölmənin əsas fəaliyyət istiqamətləri: Neft mikrobiologiyası və ekoloji biotexnalogiya. Landsaftin çirklənməyə davamlılığı probleminin nəzəri əsaslarının işlənib hazırlanması; layların neft çıxımını artırmağa imkan verən mikrobioloji metodun işlənib hazırlanması və tətbiq edilməsi; texnogen təsirdən pozulmuş torpaq ekosistemlərində biorenudatsiya metodlarının nəzəri problemlərinin və tətbiqinin işlənib hazırlanması.Struktur bölmənin əsas elmi nəticələri: Abşeronun neft yataqlarında yüksək iqtisadi səmərə ilə tətbiq edilən layların neft çıxımını artırmağa imkan verən metod işlənib hazırlanıb; "Neftçıxarmanın biotexnalogiyası" adlı monoqrafiya və 100-dən çox elmi məqalə çap olunub, Azərbaycanın və keçmiş SSRİ-nin 16 patenti və müəlliflik şəhadətnaməsi alınıb. Neftlə çirklənmiş torpaqların biorenudasiya metodu işlənib hazırlanmış və Abşeronda tətbiq edilmişdir.
Struktur bölmənin əsas fəaliyyət istiqamətləri: Xəzər dənizinin Azərbaycan sahillərinin sularının və gruntunun mikroobioloji tədqiqi.Struktur bölmənin əsas elmi nəticələri: Xəzər dənizənin sularının mikrobiosenozunun ekoloji vəziyyətinin dəyişilmə dinamikası haqqında kifayət qədər faktiki material toplanmış, suyun və qruntun avtoxton mikroflorasının tərkibi və yayılması qanunauyğunluqları müəyyən edilmişdir.
Struktur bölmənin əsas fəaliyyət istiqamətləri selluloza-kağız və neft emalı müəssisələrində olan avadanlıqların biozədələnməsi və bioçirklənməsi səbəblərinin öyrənilməsi,sulfid filizlərinin geokimyəvi çevrilməsində iştirak edən mikroorqanizmlərin öyrənilməsidir.Struktur bölmənin əsas elmi nəticələri: Avadanlıqların biozədələnməsinin və bioçirklənməsinin qarşısını almağa imkan verən bakterisid preparatlar alınmış və bir sıra müəssisələrdə tətbiq edilmişdir.
Struktur bölmənin əsas fəaliyyət istiqamətləri karbohidrogen parçalayan mikroorqanizmlərdə suda həll olan hüceyrə xarici səthi -aktiv maddə sintezi,tərkibində karbohidrogen substratı olan mühitdə becərilmiş müxtəlif lipogen göbələklərdə lipid sintezi və onun kimyəvi quruluşudur.
Struktur bölmənin əsas elmi nəticələri:1. Suyun səthi aktivliyini 28 dina/sm-ə endirən müxtəlif bakteriya stammları alınmışdır. Optimal şərait işlənib.2. Tərkibində 20-70 %-ə qədər lipid toplayan Micor, Fusarium, Alternaria, Cephalosporium cinsinə aid stammlar ayrılmış, sintez olunan lipidin tərkibi öyrənilib.
Struktur bölmənin əsas fəaliyyət istiqamətləri: Neft məhsullarının, o cümlədən Naftalan neftinin karbohidrogenlərinin mikrobioloji çevrilməsi prosesini öyrənməkdir.Struktur bölmənin əsas elmi nəticələri: Göbələk və bakteriya kulturalarından ibarət 100 ştamm ayrılmışdır ki, onların hamısı Naftalan neftini parçalama qabiliyyətinə malikdir.
Struktur bölmənin əsas fəaliyyət istiqamətləri: Müxtəlif taksonomik qruplara daxil olan qeyri və ya səthi patogen mikroorqanizmlərin genofondunun yaradılması.Struktur bölmənin əsas elmi nəticələri: Mikro və makro miesetlərə aid olan 500-ə qədər ştammın daxil olduğu kolleksiya yaradılıb.