Portuqaliya Azərbaycanın müstəqilliyini 7 yanvar 1992-ci il tarixində tanımışdır. İki ölkə arasında diplomatik əlaqələr 4 avqust 1992-ci ildə yaradılmışdır. Azərbaycan Respublikası Prezidenti cənab İlham Əliyevin 13 iyul 2012-ci il tarixli Sərəncamı ilə S.M.Ağabəyov Azərbaycan Respublikasının Portuqaliya Respublikasında fövqəladə və səlahiyyətli səfiri vəzifəsindən geri çağırılmış və 21 dekabr 2012-ci il tarixli
sərəncamına əsasən Azərbaycan Respublikasının Mərakeş Krallığında fövqəladə və səlahiyyətli səfiri Tarik İsmayıl oğlu Əliyev igamətgahı Rabat şəhərində olmaqla,eyni zamanda Azərbaycan Respublikasının Portuqaliya Respublikasında fövqəladə və səlahiyyətli səfiri təyin olunmuşdur. Səfir T.Əliyev 14 yanvar 2013-cü il tarixində etimadnaməsini Portuqaliya prezidenti A.K.Silvaya təqdim etmişdir.
15 iyul 2010-cu il tarixində Bakı şəhərində “Azərbaycan Respublikası Xarici İşlər Nazirliyi və Portuqaliya Respublikası Xarici İşlər Nazirliyi arasında siyasi məsləhətləşmələr barədə Memorandum” imzalanmışdır. 20 noyabr 2010-cu il tarixində Lissabon şəhərində “Azərbaycan Respublikası və
Portuqaliya Respublikası arasında diplomatik, xidməti və xüsusi pasportlara malik şəxslər üçün vizaların ləğv edilməsi haqqında Saziş” imzalanmışdır.