Azərbaycanla Qırğızıstan arasında diplomatik münasibətlər 19 yanvar 1993-cü ildə qurulub. Lakin bu əlaqələr ilk vaxtlar özünün intensivliyi ilə seçilməyib. 1 aprel 2002-ci ildə Qırğızıstan Azərbaycanda Fəxri Konsulunu təyin edib. 16 may 2007-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Qırğızıstanda səfirliyi açılıb, 18 yanvar 2008-ci ildə isə Qırğızıstan Azərbaycana yeni səfirini təyin edib. Müstəqilliyin ilk illərində Azərbaycan-Qırğızıstan əlaqələri Mərkəzi Asiyanın digər türk dövlətləri ilə olduğu kimi, əsasən, beynəlxalq və regional təşkilatların işində əməkdaşlıq çərçivəsində həyata keçirilib. İkitərəfli münasibətlərin genişlənməsində isə ümummilli lider Heydər Əliyevin əvəzsiz xidmətləri olub.
1993-cü ilin dekabrında Türkmənistanda MDB Dövlət Başçıları Şurasının iclası zamanı Azərbaycan Prezidenti Heydər Əliyevlə Qırğızıstan Prezidenti Əsgər Akayevin ikitərəfli görüşü keçirilib. Görüş zamanı iki ölkə arasında münasibətləri möhkəmlətmək üçün ənənələrin, mədəniyyətin, dinin ümumiliyi, dil yaxınlığı kimi möhkəm bünövrənin olduğu vurğulanıb.
11 noyabr 1996-cı ildə Azərbaycan Respublikası Xarici İşlər Nazirliyi ilə Qırğızıstan Respublikası Xarici İşlər Nazirliyi arasında əməkdaşlıq haqqında Protokol imzalanıb.1997-ci il aprelin 23-də Qırğızıstan prezidenti Əsgər Akayev Azərbaycan prezidenti Heydər Əliyevin dəvəti ilə Azərbaycana ilk rəsmi səfərini edib. 1998-ci il sentyabrın 7-8-də Bakıda keçirilən TRACECA proqramı çərçivəsində Tarixi İpək yolunun bərpası üzrə Beynəlxalq Konfransın işində Qırğızıstan Prezidenti Əsgər Akayev də iştirak edib. Konfransda "Avropa-Qafqaz-Asiya Dəhlizinin inkişafı üçün beynəlxalq nəqliyyat üzrə Əsas Çoxtərəfli Saziş" (Əsas Saziş) və onun Texniki Əlavələri imzalanıb.
3 oktyabr 2009-cu il tarixdə Azərbaycan Respublikasının Naxçıvan şəhərində Türkdilli Ölkələrin Dövlət Başçılarının 9-cu zirvə görüşü keçirilib. Zirvə görüşündə Qırğızıstan Prezidenti K.Bakiyev bildirib ki, türkdilli ölkələrin əməkdaşlıq şurasının yaradılması haqqında saziş türkdilli dövlətlərin birləşməsi üçün unikal şans verir. Zirvə görüşünün sonunda prezidentlər Türkdilli ölkələrin Əməkdaşlıq Şurasının yaradılması haqqında Naxçıvan Sazişini və türkdilli ölkələrin dövlət başçılarının 9-cu zirvə toplantısının yekunu olaraq Naxçıvan Bəyannaməsini imzalayıblar.
1997-ci ildə Azərbaycan Respublikası Hökuməti və Qırğızıstan Respublikası Hökuməti arasında investisiyaların təşviqi və qarşılıqlı qorunması haqqında, ticarət-iqtisadi əməkdaşlığı haqqında Sazişlərin imzalanmasına, tərəflərin iqtisadi sahədə münasibətləri genişləndirmək niyyətlərinə baxmayaraq, Azərbaycanla Qırğızıstan arasında iqtisadi münasibətlər yüksək səviyyədə deyil.
2009-cu ildə AzərbaycanınQırğızıstanla ticarət əlaqələri (min ABŞ dolları ilə) qeyd edilən kimi olub: İdxal 7 51,6; ixrac 4 558,5; xarici ticarət saldosu 3 806,9.
Azərbaycan və qırğız xalqları digər türkdilli xalqlar kimi ortaq mədəniyyətə malikdirlər. Bu xalqlar arasında mədəni əlaqələr inkişaf etməkdədir. 9 aprel 2000-ci ildə Kitabi-Dədə Qorqud dastanının 1300 illik yubileyi mərasimində Qırğız Respublikasının Prezidenti Ə.Akayev iştirak edib. Azərbaycan nümayəndə heyəti isə 2000-ci ilin payızında Qırğızıstanın Oş səhərinin 3000 illiyində iştirak edib.16 yanvar 2001-ci ildə TURKSOY-un Daimi Şurasının XV iclasında iştirak etmək ucun Qırğızıstanın Təhsil, Elm və Mədəniyyət Nazirliyinin komitə sədri E.Abdukarimov Bakıda olub. Tədbir iştirakçılarını Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyev qəbul edib.5-8 sentyabr 2006-cı il tarixlərində Bakıda kecirilən "Sərq-Qərb" kinofestivalında Qırğızıstan və Qazaxıstan kinematoqrafçılarının birgə istehsalı etdiyi "Cənnət quşları" kinofilmi nümayiş etdirilib.