Mərkəz Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyevin dövlətçilik fəlsəfəsi və azərbaycançılıq məfkurəsinin öyrənilməsi, Heydər Əliyev irsinin tədqiqi və təbliği, elm, təhsil, mədəniyyət, səhiyyə, idman, ekologiya və iqtisadiyyatın inkişaf etdirilməsinə xidmət edən layihələrin həyata keçirilməsi, Azərbaycan tarixi və mədəniyyətinin, Azərbaycan dilinin və digər milli-mənəvi sərvətlərinin beynəlxalq aləmdə tanıdılması və təbliği, eləcə də dünya mədəniyyətinin, müxtəlif sivilizasiya nümunələrinin Azərbaycanda tanıdılması, yerli, regional və beynəlxalq konfrans, simpozium və digər tədbirlərin keçirilməsi istiqamətində fəaliyyət göstərir. Heydər Əliyev Mərkəzi, həmçinin digər ölkələrin analoji qurumları, araşdırma mərkəzləri ilə elm, təhsil, mədəniyyət, iqtisadiyyat, idman, ekologiya kimi müxtəlif sahələrdə birgə layihələr həyata keçirir.