Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzi Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyinin ekspertiza və elmi-tədqiqat fəaliyyəti ilə məşğul olan baş idarəsidir.Mərkəzin fəaliyyəti insan və vətəndaş hüquqlarınıın və azadlıqlarının qorunması, qanunçuluğun təmin edilməsi, ekspertlərin müstəqilliyi, elm və texnikanın müasir nailiyyətlərindən istifadə edilməklə həyata keçirilən tədqiqatların obyektivliyi, hərtərəfliyi və tamlığı prinsiplərinə əsaslanır.
· məhkəmə ekspertizalarının və tədqiqatların aparılması (elm, texnika, incəsənət, sənətkarlıq və başqa sahələr üzrə obyektiv, hərtərəfli, insan və vətəndaş hüquqlarının və azadlıqlarının qorunması prinsipləri əsasında tədqiqatlar aparılaraq rəy və arayışların verilməsi);
· elmi-tədqiqat fəaliyyəti həyata keçirmək, ekspert tədqiqatının yeni metod və metodikalarını hazırlamaq və təkmilləşdirmək(aktual mövzularda elmi-tədqiqat işlərinin aparılması, ekspert praktikasının ümumiləşdirilməsi, cinayətkarlığın vəziyyəti, strukturu və dinamikasının, onun ayrı-ayrı növlərinin baş verməsinin səbəb və şəraitinin, cinayətkarın şəxsiyyətinin kompleks sistemli-struktur təhlili, cinayətkarlığın proqnozlaşdırılması ilə bağlı olan kriminoloji fəaliyyət, elm və texnikanın müasir nailiyyətlərindən istifadə etməklə ekspert tədqiqatı metodikasının təkmilləşdirilməsi);
· məhkəmə və hüquq mühafizə orqanlarına elmi-metodik kömək göstərmək(məhkəmə-istintaq orqanları işçiləri, ali məktəb tələbələri ilə metodik və praktik məşğələlər keçirmək);
· ekspert profilaktikasını həyata keçirmək(cinayətlərin baş verməsinə şərait yaradan halların aşkar olunması, onların qarşısının alınması üçün profilaktik tövsiyələrin işlənib hazırlanması);
· qanunvericiliklə müəyyən edilmiş digər istiqamətlərdə fəaliyyət göstərmək.
Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzinin yaranma tarixi 1938-ci ilin avqust ayında Azərbaycan SSR Ədliyyə Xalq Komissarlığı nəzdində təşkil edilən Kriminalistika kabineti ilə bağlıdır.Bu kabinet azsaylı personaldan ibarət olmaqla qrafoloji ekspertizalar aparmaqla fəaliyyətə başlamışdır. Lakin 1951-ci ilin iyun ayında SSRİ Nazirlər Sovetinin sərəncamı ilə həmin kabinet ləğv edilmiş, kabinetin əmlakı və Azərbaycanın hüquq mühafizə orqanları üçün ekspertizaların aparılması vəzifəsi Gürcüstan elmi-tədqiqat kriminalistika laboratoriyasınahəvalə edilmişdir.Az sonra, yəni 1956-cı ilin iyununda Azərbaycan SSR Nazirlər Sovetinin sərəncamı ilə Bakı elmi-tədqiqat kriminalistika laboratoriyası yaradılmış və bu laboratoriyada qrafoloji, ballistik, trasoloji ekspertizalar aparılmışdır.1960-cı ilin dekabrında isə bu laboratoriyanın əsasında Azərbaycan Respublikası Nazirlər Sovetinin Hüquq Komissiyası yanında Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Məhkəmə Ekspertizası İnstitutu yaradılmışdır.
Cinayətkarlığın kompleks tədqiqini, hüquq pozuntularının qarşısının alınması üzrə elmi cəhətdən əsaslandırılmış proqnozların və konstruktiv təkliflərin işlənib hazırlanmasını təmin etmək məqsədilə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Sovetinin qərarı ilə 1991-ci ilin iyununda institutun adında və fəaliyyətində dəyişiklik edilərək Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Məhkəmə Ekspertizası, Krminalistika və Kriminologia Problemləri İnstitutu adlandırılmışdır.Azərbaycan Respublikası Prezidentinin «Ədliyyə orqanlarının inkişafı haqqında» 17 avqust 2006-cı il tarixli Fərmanı ilə Elmi-Tədqiqat Məhkəmə Ekspertizası, Kriminalistika və Kriminologiya Problemləri İnstitutu Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzi adlandırılmış və Mərkəz baş idarə səlahiyyətli qurum kimi təsdiq edilmişdir.Hazırda Mərkəzdə aşağıdakı20 məhkəmə ekspertizası növü və 41 ekspert ixtisasıüzrə tədqiqatlar aparılaraq rəy və arayışlar verilir.