Ekologiya İdarəsi ARDNŞ sistemində ekoloji durumun yaxşılaşdırılması istiqamətində beynəlxalq standartlar və qüvvədə olan normalara cavab verən ekoloji işlərin, kompleks tədbirlərin həyata keçirilməsi,Neft-qaz hasilatı və emalı prosesində ekoloji təhlükəsizliyin təmin olunması istiqamətində qarşıya çıxan problemlərin həlli, müəssisələrin fəaliyyətinin ətraf mühitə təsirinin qiymətləndirilməsi və digər problemlərin aradan qaldırılması məqsədilə ölkə başçısının ''Azərbaycan Respublikası Dövlət Neft Şirkətinin strukturunun təkmilləşdirilməsi haqqında'' 14 sentyabr 2006-cı il tarixli Fərmanına uyğun olaraq yaradılmışdır.
İdarənin əsas məqsədi ARDNŞ-nin struktur bölmələrində ekoloji durumun yaxşılaşdırılması, beynəlxalq standartlar və qüvvədə olan normalara cavab verən ekoloji işlərin,xidmətlərin,kompleks tədbirlərin həyata keçirilməsinə, karbohidrogen hasilatı və emalı prosesində ekoloji təhlükəsizliyin təmin olunması istiqamətində qarşıya çıxan problemlərin həllinə, sənaye tullantılarının utilizasiyasına və üçüncü tərəflərlə ekoloji münasibətlər üzrə qarşılıqlı əlaqələrin və əməkdaşlığın qurulmasına, müəssələrin fəaliyyətinin ətraf mühitə təsirinin qiymətləndirilməsinə, icmalına, sənaye çirkləndiricilərinin müasir monitorinq metodlarının müəyyənləşdirilməsinə və tətbiq edilməsinə, antropogen və təbii təsirlər nəticəsində yaranan təhlükələrin nəticələrinin aradan qaldırılmasına, ARDNŞ ərazisində aparılan yaşıllaşdırma və salınmış yaşıllıqlara göstərilən qulluq işlərinin müvafiq normativ qaydalara uyğun olmasına, Abşeronun ərazisində salınan yaşıllıqların, o cümlədən ARDNŞ-nin idarə və müəssisələrinin, Əməliyyat Şirkətləri və Birgə Müəssisələrin, lazımi keyfiyyətdə əkin materiallarına olan tələbatın ödənilməsinə nail olmaqdan ibarətdir.
İdarə tərəfindən Xəzər dənizinin Azərbaycan sektorunda ARDNŞ-ə məxsus neft-qaz yataqlarında istehsalat fəaliyyətinin dəniz ekosisteminə təsir parametrlərinin müəyyənləşdirilməsi, su mühitinin fiziki-kimyəvi parametrləri, biogen maddələrin, neft məhsullarının, dib çöküntülərinin fiziki-kimyəvi təhlilləri, qranulametriyası, üzvü maddələr, metal akkumulyasiyası, mikroorqanizmlərin taksonomiyası, su qatının stratifikasiyası dövrlərində planktonun populyasiya sıxlığı, suyun üst və alt qatlarında qida maddələrinin miqdarının və yem zəncirinin dinamikasının öyrənilməsi həyata keçirilir.Bundan başqa quru ərazilərdə neft-qaz yataqlarında, o cümlədən mədən ərazilərində neft, neft məhsulları, lay suları və istehsal prosesi zamanı formalaşan digər tullantılarla çirklənmiş torpaqların tədqiqi, çirklənmə mənbələrinin müəyyənləşdirilməsi, çirklənmənin hopma dərinliyinin və çirklənmə dərəcəsinin müəyyən edilməsi, eləcə də mədən ərazilərində radioaktiv fonun ölçülməsi, atmosferə atılmaların araşdırılması və çirklənmənin aradan qaldırılması üzrə kompleks ekoloji monitorinq işləri aparılır.