Malayziya 31 dekabr 1991-ci ildə Azərbaycan Respublikasının müstəqilliyini tanımışdır.Azərbaycan ilə Malayziya arasında diplomatik münasibətlər 5 aprel 1993-cü ildə qurulmuşdur.17 fevral 2004-cü il tarixində Malayziyanın Azərbaycanda, həmçinin, Türkiyə akkreditə olmuş səfiri öz etimadnaməsini Azərbaycan Respublikasının Prezidentinətəqdim etmişdir.AR-in Malayziyada Səfirliyi 20 sentyabr 2005-ci ildə təsis edilmişdir. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 28 mart 2013-cü il tarixli sərəncamına əsasən Qaley Əliyeviç Allahverdiyev Azərbaycan Respublikasının Malayziyadakı fövqəladə və səlahiyyətli səfiri təyin edilmişdir. 27 may 2013-cü il tarixində səfir Q.Allahverdiyev etimadnaməsini Malayziyanın Ali Başçısı Kral Abdul Halimə təqdim etmişdir.
02-04 avqust 2006-cı il tarixlərində Malayziyanın paytaxtı Kuala-Lumpur şəhərində İslam Konfransı Təşkilatının (İslam Əməkdaşlığı Təşkilatı) Fövqəladə Zirvə toplantısında Azərbaycan Respublikasının Baş naziri A.Rasi-zadə iştirak etmişdir.02-05 mart 2012-ci il tarixlərində Malayziyanın sabiq Baş naziri Mahathir Mohamad İƏT üzv ölkələrin beyin mərkəzlərinin (Think Tank) 3-cü Forumunda iştirak etmək məqsədilə Bakıya səfər etmişdir.06-08 noyabr 2012-ci il tarixlərində Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin Sədri cənab Oqtay Əsədov Malayziyada rəsmi səfərdə olmuşdur.01-03 aprel 2002-ci il tarixlərində İKT-yə (İƏT) üzv dövlətlərin xarici işlər nazirlərinin Kuala-Lumpurda terrorizmlə mübarizəyə həsr olunmuş fövqəladə toplantısında AR xarici işlər naziri E.Məmmədyarov iştirak etmişdir.
Azərbaycan və Malayziya arasında parlamentlərarası əlaqələr üzrə işçi qrupu fəaliyyət göstərir. İşçi qrupunun Azərbaycan tərəfdən rəhbəri Asəf Hacı oğlu Hacıyevdir. Növbəti seçkilərdən sonra 2013-cü ilin iyun ayında yenidən formalaşmış Malayziya Parlamentində müvafiq işçi qrupunun tərkibi hələlik təyin olunmamışdır.5-7 may 2011-ci il tarixlərində Kuala Lumpurda Asiya Siyasi Partiyalarının Beynəlxalq Konfransının (ICAPP), Təbii Fəlakətlərə və Ətraf Mühitin Qorunması üzrə konfransda iştirak etmək məqsədilə Azərbaycan Milli Məclisinin AzərbaycanMalayziya Parlamentlərarası İşçi Qrupunun rəhbəri, millət vəkili Asəf Hacıyev Malayziyaya səfər etmişdir. 26-27 noyabr 2012-ci il tarixlərində Kuala Lumpurda UMNO-nun 2012-ci il üzrə illik Ali yığıncağında AR Milli Məclisinin deputatları Məlahət İbrahimqızı və Sevinc Hüseynova iştirak etmişlər.Azərbaycan və Malayziya arasında XİN-lərarası məsləhətləşmələr aparılmayıb, hər hansı saziş imzalanmamışdır. Azərbaycan-Malayziya birgə iqtisadi komissiyası fəaliyyət göstərmir. İki ölkə arasında iqtisadi sahədə sazişlər mövcud deyildir.