25 dekabr 1991-ci ildə İsrail Azərbaycanın müstəqilliyini tanıyıb, iki ölkə arasında diplomatik əlaqə isə 6 aprel 1992-ci ildə qurulub. 1993-cü ilin avqustundan İsrailin Azərbaycanda səfirliyi fəaliyyət göstərir.İki ölkə arasında münasibətlərin inkişafına İsrail və Azərbaycan dövlət başçılarının görüşləri təkan verib. 28 yanvar 1995-ci ildəPrezident Heydər Əliyev İsveçrədə keçirilən Dünya İqtisadiyyat Forumunda İsrailin Xarici İşlər Naziri Şimon Pereslə, elə həmin il22 oktyabrdaBMT Baş Məclisinin iclasında İsrailin Baş Naziri İshaq Rabinlə, 11 yanvar1996-cı ildə Fransanın keçmiş prezidenti Fransua Mitteranın dəfn mərasimində İsrailin artıq Baş Naziri olan Şimon Pereslə, 2 dekabr1996-cı ildə isə ATƏT-in dövlət başçılarının Lissabonda toplantısı çərçivəsində İsrailin Baş Naziri Benyamin Netanyahu ilə görüşüb, qarşılıqlı maraq doğuran məsələləri müzakirə edib.
İki ölkə arasında münasibətlərin inkişafına Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev də diqqətlə yanaşır. Onun İsrail dövlət başçıları ilə, əsasən də Şimon Pereslə bir sıra görüşləri olub. Prezidentlər İlham Əliyev və Şimon Peres 2006-cı ilin iyun ayındaAstanada ( Ş. Peres o zaman İsrail Baş Nazirinin müavini idi), 10 avqust 2008-ci il tarixindəPekində Olimpiya Oyunlarının açılış mərasimi zamanı və 30 yanvar 2009-cu ildə Davosda keçirilən Ümumdünya İqtisadi Forumunda görüşüblər.28-29 iyun 2009-cu ildə Azərbaycan-İsrail münasibətləri tarixində ilk dəfə olaraq İsrail prezidenti 3 nazir və 50 nəfər iş adamı ilə birgə Azərbaycana rəsmi səfərə gəlib. İsrail Prezidenti Şımon Peresin səfəri zamanı Azərbaycan və İsrail prezidentlərinin iştirakı ilə iki müqavilə imzalanıb. Bu sənədlərdən biri kommunikasiya sahəsində əməkdaşlığı, digəri isə təhsil, elm və texnologiya sahəsində əməkdaşlığı nəzərdə tutur.
Azərbaycan və İsrail arasında mədəni əlaqələr
Ölkələr arasında mədəni əlaqələrin inkişafında diasporun rolu böyükdür. Yəhudi icması Azərbaycanda ən fəal icmalardan biridir. Azərbaycan Respublikasında 3 yəhudi icması mövcuddur: əsasən Quba (Qırmızı Qəsəbə) və Bakıda yaşayan dağ yəhudiləri; əsasən Bakı və Sumqayıtda yaşayan yəhudi aşkenazlar; Gürcüstanla sərhəddə yaşayan Gürcüstan yəhudiləri.Azərbaycanda "Soxnut" yəhudi agentliyi, "Coynt" və "Vaad-L-Xetzola" komitələri yəhudi adət-ənənələrinin qorunması və saxlanılması ilə məşğul olur. Həmçinin, yəhudi icmasının mədəni mərkəzi, "Yeva" qadın cəmiyyəti, "Hesed-Qerşon" xeyriyyə cəmiyyəti, "Alef", "Kilel" gənclər klubu, "Mişpaxa" videoklubu, yəhudi dini məktəbləri - ieşivlər, "Xabad Or-Avner" orta məktəbi fəaliyyət göstərir.