İndoneziya Respublikası Azərbaycan Respublikasının müstəqilliyini 28 dekabr 1991-ci ildə tanımış, iki ölkə arasında diplomatik əlaqələr 24 sentyabr 1992-ci ildə yaradılmışdır.Azərbaycan Respublikasının Xarici İşlər Naziri 9-13 dekabr 1996-cı ildə Cakartada keçirilən İKT-yə üzv dövlətlərin Xarici İşlər Nazirlərinin 24-cü iclasında iştirak etmiş, İndoneziya Respublikasının Xarici İşlər Naziri ilə ikitərəfli görüş keçirmişdir.Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinin sədri Şeyxülislam Hacı Allahşükür Paşazadə 29 oktyabr-01 noyabr 1997-ci ildə İndoneziyada keçirilən Müsəlman Ölkələrinin Dini İşlər Nazirlərinin 6-cı konfransında iştirak etmişdir.
İndoneziya Respublikasının Azərbaycan Respublikasındakı Səfiri Amin Rianom (iqamətgahı Ankarada olmaqla) etimadnamələrini Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevə 17 fevral 2004-cü ildə təqdim etmişdir.Azərbaycan Respublikasının Xarici İşlər Naziri Elmar Məmmədyarov İndoneziyanın Azərbaycandakı Səfiri A.Rianomu 17 fevral 2004-cü ildə qəbul etmişdir.Azərbaycan Prezidenti Azərbaycan Respublikasının İndoneziya Respublikasında Səfirliyinin təsis edilməsi haqqında Sərəncamı 16 aprel 2004-cü ildə imzalamışdır.İndoneziya Respublikası Xarici İşlər Nazirliyinin Cənubi və Mərkəzi Asiya idarəsinin rəisi Sanusinin başçılıq etdiyi nümayəndə heyəti 2004-cü ilin iyul ayında Azərbaycanda səfərdə olmuş, ikitərəfli saziş layihələrini müzakirə etmiş, Azərbaycan Respublikası Vergilər və İqtisadi İnkişaf Nazirlikləri, AzAL Dövlət Konsernində görüşlər keçirmişdir.
Azərbaycanın Xarici İşlər Naziri E.Məmmədyarov və İndoneziya Respublikasının Xarici İşlər Naziri Həsən Virayuda Azərbaycan Respublikası Xarici İşlər Nazirliyi və İndoneziya Respublikası Xarici İşlər Nazirliyi arasında Əməkdaşlıq və Məsləhətləşmələr haqqında Anlaşma Memorandumunu 24 sentyabr 2004-cü ildə, BMT Baş Assambleyasının 59-cu iclası zamanı imzalamışlar.Azərbaycan tsunamidən zərər çəkmiş İndoneziya vətəndaşlarına 2004-cü ilin dekabr ayında BMT vasitəsilə $1 milyon həcmində humanitar yardım etmişdir.İndoneziya Respublikası Prezidentinin şəxsi nümayəndəsi Nana Sutresna 18-21 mart 2005-ci ildə Azərbaycana səfər etmiş, Cakartada keçirilən Asiya-Afrika 2005 Zirvə Toplantısına dəvət məktubunu Azərbaycan Prezidentinə təqdim etmişdir.
İndoneziyanın Azərbaycandakı Səfiri A.Rianom 19 mart 2005-ci ildə Azərbaycana səfər etmiş, ikitərəfli saziş layihələrini müzakirə etmişdir.
Azərbaycan Respublikası Baş Nazirinin birinci müavini Yaqub Eyyubov 22-23 aprel 2005-ci ildə Cakartada keçirilən Asiya-Afrika Zirvə Toplantısında iştirak etmişdir.Azərbaycan Prezidenti İbrahim Əsəd oğlu Hacıyevin Azərbaycan Respublikasının İndoneziya Respublikasında Fövqəladə və Səlahiyyətli Səfiri təyin edilməsi barədə Fərmanı 13 sentyabr 2005-ci ildə imzalamışdır.Səfir İ.Hacıyev ölkədə 1 dekabr 2005-ci ildə fəaliyyətə başlamışdır.Azərbaycanın İndoneziyadakı Səfirliyi yeni binaya 1 fevral 2006-cı ildə köçmüşdür. Bu Azərbaycanın Cənub-Şərqi Asiya regionunda ilk səfirliyi olmuşdur.