Azərbaycan Respublikası Kənd Təsərrüfatı Nazirliyi yanında Dövlət Baytarlıq Nəzarəti Xidməti Azərbaycan Respublikası ərazisində bütün növ heyvanların (mal-qarının, quşların, xəzdərili heyvanların, balıqların, arıların, vəhşi heyvanların) müxtəlif xəstəliklərdən qorunmasını və onların müalicəsini, əhalinin insan və heyvanlar üçün ümumi olan xəstəliklərdən qorumasını, ölkə ərazisinin xarici dövlətlərdən keçə biləcək yoluxucu xəstəliklərdən mühafizə edilməsini təmin etmək, heyvan mənşəli məhsulların və xammalın zəruri baytarlıq (baytarlıq-sanitariya) keyfiyyətinə nəzarəti həyata keçirmək,-bir sözlə, ölkənin epizootik vəziyyətinin sabitliyini təmin etməkdən ibarətdir.
Xidmət bu müqəddəs missiyanı həyat keçirmək üçün «Baytarlıq haqqında» Azərbaycan Respublikası Qanununda təsbit edilmiş vəzifə və hüquqlara malik olmaqla heyvandarlığın inkişafına, sağlam məhsul bolluğunun yaradılmasına və insanların təmiz qida ilə təchiz edilməsinə yönəldilmiş tədbirlər görür. Eləcə də xidmətin missiyalarından biri heyvan xəstəlikləri ilə mübarizə üsulları və bu vasitələri mükəmməl şəkildə işləyib hazırlamaq, baytarlıq preparatları və vasitələrinin, yem və yem əlavələrinin, biostimulyatorlarının və hormonların təhlükəsizliyinə və keyfiyyətinə qanunla müəyyən edilmiş qaydalarda nəzarət etmək, baytarlıq elminin inkişafı üçün lazımi tədbirlər görməklə bu elmin nəticələrinin təsərrüfatlarda tətbiqini, baytarlıq müəssisələrinin hazırlanmasında və kadrların ixtisaslarının artırılmasında yaxından iştirak etməkdir.
Bu gün Kənd Təsərrüfatı Nazirliyi yanında Dövlət Baytarlıq Nəzarəti Xidmətinin qarşısında bir çox mühüm əhəmiyyətli məsələlərin həlli, onların həyata keçirilməsi kimi vacib, həm də şərəfli vəzifələr durur. Bunların ən başlıcası müstəqil Azərbaycanın baytarlıq bioloji sənayesinin yaradılmasına, dövlət baytarlıq xidməti sisiteminin maddi-texniki bazasının möhkəmləndirilməsinə, diaqnostika işinin yaxşılaşdırılmasına, idxal-ixrac əməliyyatlarının dünya standarlarına uyğun beynəlxalq məlumat bankına, internetə qoşulmasına, özəl baytarlıq xidmətini inkişafını yüksək səviyyəyə qaldırmasına nail olmaq və identikləşdirməni həyata keçirməkdən ibarətdir. Bu gün xidmət qarşıya qoyulmuş məqsədlərə çatmaq üçün üzərinə düşən bütün vəzifələri yerinə yetirməyə çalışır.
1995-ci ildə Azərbaycan Respublikası Ümumdünya Heyvan Sağlamlığı Təşkilatının-Beynəlxalq Epizootik Büronun üzvlüyünə qəbul edilmişdir. Elə həmin vaxtdan ölkəmiz bu beynəlxalq təşkilatla sıx əməkdaşlıq edir.