Azərbaycan və qırğız xalqları tarix, dil, din və mədəni dəyərlər baxımından bir-birinə çox sıx tellərlə bağlıdırlar. Bu iki xalq arasında münasibətlər tarixin dərinliklərinə gedib çıxır. Qırğızıstanda 20 minə qədər azərbaycanlı yaşayır. Qırğızıstanda yaşayan azərbaycanlıların əksəriyyəti 30-cu illərin repressiyaları zamanı Azərbaycandan sürgün olunanlar və onların övladlarıdır. Qırğızıstandakı Azərbaycan diasporunun nümayəndələri ölkənin biznes sahəsində, iqtisadiyyatın digər sahələrində fəal iştirak edirlər. Ölkənin tanınmış cərrahları, iş adamları arasında da azərbaycanlılar çoxdur. Soydaşlarımız əsasən, Bişkek, Talas, Qara-Balta şəhərlərində yaşayırlar. Öz tarixi yurdlarından ayrı yaşamalarına baxmayaraq, Qırğızıstanda yaşayan azərbaycanlılar dil və adətlərini qoruyub saxlayıblar.
Azərbaycanla Qırğızıstan arasında diplomatik münasibətlər 19 yanvar 1993-cü ildə qurulub. Lakin bu əlaqələr ilk vaxtlar özünün intensivliyi ilə seçilməyib. 1 aprel 2002-ci ildə Qırğızıstan Azərbaycanda Fəxri Konsulunu təyin edib. 16 may 2007-ci ildə Azərbaycan Respublikasının Qırğızıstanda səfirliyi açılıb, 18 yanvar 2008-ci ildə isə Qırğızıstan Azərbaycana yeni səfirini təyin edib. Müstəqilliyin ilk illərində Azərbaycan-Qırğızıstan əlaqələri Mərkəzi Asiyanın digər türk dövlətləri ilə olduğu kimi, əsasən, beynəlxalq və regional təşkilatların işində əməkdaşlıq çərçivəsində həyata keçirilib. İkitərəfli münasibətlərin genişlənməsində isə ümummilli lider Heydər Əliyevin əvəzsiz xidmətləri olub.
1993-cü ilin dekabrında Türkmənistanda MDB Dövlət Başçıları Şurasının iclası zamanı Azərbaycan Prezidenti Heydər Əliyevlə Qırğızıstan Prezidenti Əsgər Akayevin ikitərəfli görüşü keçirilib. Görüş zamanı iki ölkə arasında münasibətləri möhkəmlətmək üçün ənənələrin, mədəniyyətin, dinin ümumiliyi, dil yaxınlığı kimi möhkəm bünövrənin olduğu vurğulanıb.Azərbaycan Prezidenti Heydər Əliyev 1995-ci ilin avqustunda Türkdilli Dövlət Başçılarının üçüncü sammitində iştirak etmək üçün Qırğızıstana gedib. Ölkə başçısı Qırğızıstan Prezidenti Əsgər Akayevlə görüşüb. Görüş zamanı iki dövlət arasında əlaqələrin daha da inkişaf etdirilməsi ilə bağlı məsələlərin müzakirəsinə ciddi ehtiyac olduğu bildirilib. Görüşdə həmçinin, Ermənistan-Azərbaycan, Dağlıq Qarabağ münaqişəsinin sülh yolu ilə aradan qaldırılması ilə əlaqədar aparılan danışıqlardan da geniş bəhs edilib. Səfər çərçivəsində Heydər Əliyev Bişkekdə Manas dastanının 1000 illik yubileyinə həsr edilmiş bayram tədbirlərində iştirak edib.
11 noyabr 1996-cı ildə Azərbaycan Respublikası Xarici İşlər Nazirliyi ilə Qırğızıstan Respublikası Xarici İşlər Nazirliyi arasında əməkdaşlıq haqqında Protokol imzalanıb.