Бакинский славянский университет основан 13 июня 2000 года на базе Азербайджанского педагогического института русского языка и литературы имени М. Ф. Ахундова. В университете, специализирующемся на изучении славянских языков, готовят филологов-педагогов русского, чешского, польского, болгарского, словацкого, украинского, греческого языков и литературы, а также специалистов по истории, культуре, международным отношениям, праву, экономике и географии этих стран.
Университет является членом Международной кадровой академии, ассоциации университетов стран бассейна Чёрного моря, Международной ассоциации преподавателей русского языка и литературы (МАПРЯЛ), Ассоциации университетов Европы (Magna Charta Universitatum).Университетом заключены договоры по обмену студентами с вузами России, Украины, Румынии, Болгарии, Франции, Греции, Чехии, Польши и Словакии. В октябре 2001 года при университете создан Украинский культурно-образовательный центр, на базе которого функционирует Украинская воскресная школа.
В 2006 году между Бакинским славянским университетом и Уральским государственным университетом им. А. М. Горького заключен договор о партнерстве, в 2007 году между БСУ и Московским городским педагогическим университетом был подписан договор о сотрудничестве. 1 сентября 2009 года в Бакинском славянском университете в рамках совместного проекта с Боннским университетом Германии состоялось открытие летней школы для изучения студентами из Германии азербайджанского и русского языков.