Bakı İslam Universiteti Azərbaycanda ali dini tədris müəssisəsidir.Qafqaz Müsəlmanları Ruhani İdarəsinin nəzdində olan Bakı İslam Universiteti 1991-ci ildə Bakı İslam Mədrəsəsinin bazası əsasında formalaşmışdır. Bakı İslam Mədrəsəsi SSRİ Nazirlər Soveti yanında Dini İşlər Şurasının 17 yanvar 1989-cu il tarixli, 2№-li protokoluna əsasən Qafqaz Müsəlmanları Ruhani İdarəsinin nəzdində fəaliyyətə başlamışdır[1]. Bakı İslam Mədrəsəsi struktur baxımından Buxara mədrəsəsi nümunəsi əsasında qurulsa da, tədris proqramı mümkün qədər Azərbaycanın konfessional durumuna yaxınlaşdırılmışdır. Fəaliyyət göstərdiyi müddətdə Bakı İslam Mədrəsəsində 86 tələbə təhsil almışdır.
1991-ci ilin yanvarında Qafqaz Müsəlmanları Ruhani İdarəsinin Qazilər Şurasının qərarı ilə QMİ-nin 14 yanvar 1991-ci il tarixli 2№-li əmrinə əsasən Bakı İslam Mədrəsəsi Bakı İslam İnstitutuna çevrilmişdir. İnstituta ilk dəfə qəbul imtahanları keçirilmiş və 20 nəfər qəbul edilmişdir. Burada yalnız mədrəsəni bitirmiş gənclər oxumaq haqqı qazanmışlar.QMİ-nin təşəbbüsü ilə 1992-ci ilin axırlarında Bakı İslam İnstitutu Bakı İslam Universiteti adını aldıqdan sonra tədris müəssisəsinə qəbul olanların sayında artım müşahidə edilmişdir. Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyi Kollegiyasının 1 mart 1994-cü il tarixli qərarına əsasən universitetin yeni adı rəsmən təsdiq olunmuşdur.
Hazırda universitetdə "İslamşünaslıq" və "Şəriət" fakültələri var. İndiyədək Bakı İslam Universitetinin təxminən 1350 məzunu olmuşdur (2012). 1995-ci ildən universiteti bitirən tələbələrdən 450 nəfəri xarici ölkələrdə təhsil almağa göndərilib.2009-cu ildə Təhsil Nazirliyi 5 il müddətinə universitetin fəaliyyətinə xüsusi razılıq (lisenziya) vermişdir. Həmin razılığa əsasən Universitetdə bakalavr səviyyəsində Dinşünaslıq ixtisası, magistratura səviyyəsində isə Dinlərin tarixi və İslamşünaslıq ixtisaslaşmaları üzrə kadr hazırlığı aparılır. Lisenziyaya uyğun olaraq, bakalavr pilləsi 4 il, magistr pilləsi isə 2 il müddətində olacaq