Liseyin təməli 2011-ci ilin 7 oktyabrında Fransanın sabiq Prezidenti Nikola Sarkozinin Bakıya səfəri çərçivəsində imzalanan "Azərbaycan Respublikasının Hökuməti və Fransa Respublikasının Hökuməti arasında Bakı Fransız Liseyinin yaradılması haqqında" Sazişə əsasən qoyulmuşdur. Sazişi elə həmin gün Azərbaycan tərəfdən xarici işlər naziri Elmar Məmmədyarov, Fransa tərəfdən isə Xarici və Avropa işləri naziri yanında əməkdaşlıq məsələləri naziri Anri de Renkur imzalamışlar.
Liseyin yaradılmasına Heydər Əliyev Fondu da dəstək vermişdir. Liseyin yaradılmasının əsas məqsədi Azərbaycanda müvəqqəti və daimi yaşayan fransızdilli əcnəbi vətəndaşların və Azərbaycan vətəndaşlarının bu dildə təhsil almalarına geniş imkanlar yaratmaqdır.11 may 2014-cü ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev, xanımı Mehriban Əliyeva və bu ölkədə rəsmi səfərdə olan Fransa Respublikasının Prezidenti Fransua Olland Bakı Fransız Liseyində aparılan tikinti işləri ilə tanış olmuşlar.
Liseyin tədris planı uşaq bağçasından başlayaraq 12 illik ümumi təhsil müəssisəsində tətbiq edilən klassik fransız tədris planı əsasında qurulmuşdur.Tədris proqramı Fransa milli təhsil sisteminin tələblərinə uyğun olaraq fransız dilində aparılır. Şagirdlərə veriləcək attestat Fransa Milli Təhsil Nazirliyinin standartlarına və tələblərinə uyğun olacaq və nazirlik tərəfindən tanınacaqdır. Məktəbin məzunları öz seçimlərinə uyğun olaraq təhsillərini Fransanın istənilən ali təhsil müəssisəsində davam etdirmək imkanı qazanacaqlar