Bakı Hərbi Məhkəməsi müvafiq ərazi yurisdiksiyası çərçivəsində müharibə və hərbi xidmət əleyhinə olan böyük ictimai təhlükə törətməyən və az ağır cinayətlərə dair, habelə hərbi qulluqçular tərəfindən törədilmiş böyük ictimai təhlükə törətməyən və az ağır cinayətlərə dair işlərə baxır (göstərilən cinayətlər hərbi qulluqçu olmayan şəxsin iştirakı ilə törədilərsə, onun barəsində işə də hərbi məhkəmə tərəfindən baxılır).
Bakı Hərbi Məhkəməsi 1992-ci ilin avqust ayında yaradılıb. 1992-ci ildən 1997-ci il iyun ayının 10-dək Bakı Qarnizonu Hərbi Tribunalı adı altında fəaliyyət göstərib və həmin tarixdə qanunvericiliyə dəyişiklik edilməsi nəticəsində qarnizon hərbi tribunalları hərbi məhkəmələr adlandırılmışdır.Azərbaycan Respublikası apellyasiya instansiyası məhkəmələrinin, ağır cinayətlər məhkəmələrinin, inzibati-iqtisadi məhkəmələrin və hərbi məhkəmələrin ərazi yurisdiksiyası haqqında Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 09 avqust 2010-cu il tarixli Fərmanı ilə Bakı Hərbi Məhkəməsinin yurisdiksiyasına aid olan ərazi vahidləri aşağıdakılardır:
1. Bakı şəhəri Binəqədi rayonu
2. Bakı şəhəri Xətai rayonu
3. Bakı şəhəri Xəzər rayonu
4. Bakı şəhəri Qaradağ rayonu
5. Bakı şəhəri Nərimanov rayonu
6. Bakı şəhəri Nəsimi rayonu
7. Bakı şəhəri Nizami rayonu
8. Bakı şəhəri Sabunçu rayonu
9. Bakı şəhəri Səbail rayonu
10. Bakı şəhəri Suraxanı rayonu
11. Bakı şəhəri Yasamal rayonu
12. Abşeron rayonu
13. Xaçmaz rayonu
14. Xızı rayonu
15. Qobustan rayonu
16. Quba rayonu
17. Qusar rayonu
18. Siyəzən rayonu
19. Sumqayıt şəhəri
20. Şabran rayonu
21. Şamaxı rayonu
22. Şuşa rayonu
23. Qubadlı rayonu