Milli Depozit Mərkəzi Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 14 may 1997-ci il tarixli Fərmanı ilə təsdiq edilmiş "Milli Depozit Sistemi haqqında" Əsasnaməyə müvafiq olaraq 18 sentyabr 1997-ci il tarixində təsis edilmişdir. MDM-in 100% səhm zərfi dövlətə məxsusdur və mülkiyyətin sərəncamçısı qismində Qiymətli Kağızlar üzrə Dövlət Komitəsi çıxış edir.
Milli Depozit Sistemi anlayışı ilk dəfə "Azərbaycan Respublikasında 1995-1998-ci illərdə dövlət mülkiyyətinin özəlləşdirilməsinin Dövlət Proqramı"nda öz əksini tapmışdır. Dövlət Proqramına əsasən depozit sisteminin əsas məqsədi kimi qiymətli kağızların müəyyən olunmuş qaydada saxlanılması, onların nağd və nağdsız dövriyyəsinin təmin edilməsi, səhmdarların reyestrinin aparılması, qiymətli kağız mülkiyyətçilərinin və alqı-satqı müqavilələrinin qeydiyyatı, eləcə də digər depozitar xidmətlərinin həyata keçirilməsi qeyd edilmişdir. Dövlət Proqramının qəbul edilməsindən sonrakı dövrdə depozit sisteminin təkmilləşdirilməsi və onun fəaliyyətinin tənzimlənməsi məqsədilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 14 may 1997-ci il tarixli Fərmanı ilə "Milli Depozit Sistemi haqqında" və "Dövlət müəssisələrinin özəlləşdirilməsi zamanı yaradılmış səhmdar cəmiyyətlərinin və ixtisaslaşdırılmış çek investisiya fondlarının səhmdarlarının reyestrinin aparılması qaydaları haqqında" Əsasnamələr təsdiq edilmiş və MDM yaradılmışdır.
MDM QKDK tərəfindən verilmiş depozitar, reyestrsaxlayıcı və klirinq lisenziyalarına malikdir."Milli Depozit Sistemi haqqında" Əsasnaməyə uyğun olaraq MDM - Milli Depozit Sisteminin tərkib hissəsi olaraq bilavasitə depozitar fəaliyyəti ilə məşğul olan və depozit sisteminə daxil olan depozitarların uçotunu aparan, onların fəaliyyətinə nəzarəti həyata keçirən dövlət təşkilatıdır.MDM-in ali idarəetmə orqanı Səhmdarların Ümumi Yığıncağıdır. MDM-in fəaliyyətinə nəzarət Müşahidə Şurası, icra funksiyası isə İdarə Heyəti tərəfindən həyata keçirilir.
Müşahidə Şurası MDM-in strategiyasını və biznes prioritetlərini müəyyən edən, öz səlahiyyətləri çərçivəsində ümumi rəhbərliyi və MDM-in İdarə Heyətinin fəaliyyəti üzərində nəzarəti həyata keçirən, səhmdarların Ümumi Yığıncağının müstəsna səlahiyyətlərinə aid edilməyən məsələləri həll edən idarəedici orqandır.İdarə Heyəti MDM-in Səhmdarlarının Ümumi Yığıncağı və Müşahidə Şurası qarşısında hesabat verməyə borclu, onların tapşırıqlarının icrasına cavabdehdir. MDM-in Səhmdarlarının Ümumi Yığıncağı və Müşahidə Şurası tərəfindən qəbul edilən qərarlar İdarə Heyəti üçün məcburidir.MDM-in auditoru MDM-in mühasibat uçotunun aparılmasının düzgünlüyünü və mühasibat hesabatlarının həqiqiliyini yoxlayır.